【摘 要】
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本文研究的主要目的在于研究ACEIP(Angiotensin Converting Enzymeinhibitor Peptide),血管紧张素转化酶抑制肽)的结构与活性之间的关系,并对其作用机理进行了探究。全文主要分为两个部分,1)ACEIP肽数据的获得,2)构效关系的建立以及作用机理的探究。 在ACEIP数据获得方面,我们使用了以下3种方法 1)分离纯化结构鉴定。通过对蛋清蛋白进行
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本文研究的主要目的在于研究ACEIP(Angiotensin Converting Enzymeinhibitor Peptide),血管紧张素转化酶抑制肽)的结构与活性之间的关系,并对其作用机理进行了探究。全文主要分为两个部分,1)ACEIP肽数据的获得,2)构效关系的建立以及作用机理的探究。 在ACEIP数据获得方面,我们使用了以下3种方法 1)分离纯化结构鉴定。通过对蛋清蛋白进行酶解,分离纯化,结构鉴定,得到了两条活性较高,分子量较小的血管紧张素转化酶抑制肽序列,其结构分别为IRL和VKY。(第2章内容) 2)结构改造。通过对于已经鉴定结构的ACEIP序列RVPSL进行结构改造,共合成了26条序列,通过对其活性分析,得到其活性的范围由9.5μmol/L到640μmol/L。通过深入分析,发现肽的活性可能与亲水性,分子体积等有关,而与分子量关系较小。(第3章内容) 3)从文献中获得。通过对已发表的论文进行分类整理,获得了一定数量的肽序列,进行构效关系分析。(第4章,第5章内容) 在构效关系的建立以及作用机理的探究方面,本文使用了以下4种方法。 1)应用氨基酸描述符进行QSAR研究。将具有ACE抑制活性的部分三肽采用氨基酸描述符进行编码,作为输入数据,建立了三层误差反向传递型神经网络模型。当拓扑结构为9-3-1,传递函数分别为tan-sigmoid transfer function和linertransfer function函数时,模型具有最小的MSE值和较高的预测能力。应用该神经网络模型预测三肽活性,通过对模拟值和预测值进行相关性分析,发现此模型在0.01水平上显著相关。预测出ACE抑制活性最强的前三条肽分别为:Thr-Lys-Tyr,Lys-Arg-Try,Arg-Gln-Tyr。其IC50值分别为1.1μM,18.3μM,174.6μM。 2)应用多肽描述符进行QSAR的研究。通过discovery studio软件将已知的肽通过多肽描述符进行参数化,利用遗传算法结合多元线性回归,建立了一系列的ACEIP构效关系方程,得到其线性相关R2值均大于0.8,其调整判定系数R2(adj)均大于0.75,这些方程均具有较好的预测能力,对其分析发现极性表面积比为影响活性最主要的参数。 3)分子对接方法进行构效关系和作用机理研究。采用CDocker工具包对第3章所合成的26条五肽进行了研究,共得到了260个优势构象。对这些构象进行分析发现,多肽与Zn原子之间的配位作用及氢键作用是保证ACE和多肽结构稳定的主要作用,而范德华力等的作用不大。 4)运用分子动力学方法进行构效关系和作用机理的研究。采用GROMACS方法,对分子对接结果进行了进一步的研究。经过对肽-ACE体系进行11ns计算,并对平衡状态后肽和ACE的相互作用进行分析,发现肽与ACE中的Zn原子之间极有可能存在着配位作用,这种作用应该是维持肽-ACE体系稳定的最主要因素。同时,对氢键作用的研究发现,ACE与肽之间的氢键数目低于分子对接结果中氢键的数目,RVPSL与ACE平均的氢键数目为2个,而AVAAL与ACE之间的氢键数目平均值还不足1个。因此,可以推测氢键也是影响肽-ACE复合物体系稳定性的一个重要的因素。
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