小麦穗发芽是指收获前遇到阴雨或潮湿环境下的穗上发芽,是一种世界性的自然灾害。小麦穗发芽不但影响产量,而且影响品质、储存及下一年的播种质量,对小麦的经济损失造成重大影响。近年来由于极端天气的频繁发生,导致穗发芽危害呈加重趋势,因此,如何控制小麦穗发芽,已成为目前国内外小麦育种和生产中急需解决的难题。本研究利用烟农999与西农822杂交构建重组近交系（RIL）群体为材料,通过两年穗发芽抗性鉴定,挑选出抗穗发芽且农艺性状优良的种质。同时根据两年表型数据,结合55K SNP基因芯片检测进行基因分型,构建高密度遗传图谱,对RIL群体中穗发芽抗性进行数量性状位点（QTL）作图,并开发相应的分子辅助选择标记,主要结果如下:1.采用整穗发芽法,对亲本及180个RIL进行两年穗发芽抗性表型鉴定并进行方差分析,结果表明,基因型、环境、基因型与环境互作对小麦穗发芽抗性都有显著影响。遗传力为58.9%。2.利用55K基因芯片对该重组自交系群体及亲本进行了分型,筛选到17903个在亲本间揭示多态性的SNP标记,通过去除冗余标记并构建遗传图谱,最终共有14595个SNP标记作图到连锁群上,覆盖在小麦的21条染色体上,全长达16160.4 c M,标记间平均距离为1.11 c M标记。其中A、B、D基因组标记数目分别为5087（占总标记数的34.9%）、5072（占总标记数的34.8%）、4436（占总标记数的30.4%）,长度分别为4544.4 c M、4587.0 c M、7029.0 c M,标记间的平均距离分别为0.89 c M、0.90 c M、1.58c M,在4D染色体上的多态性标记分布最少,仅有255个SNP标记,而7B染色体上的多态性标记最多,达1190个,是21条染色体上标记数目最多的。3.作图共检测到6个控制穗发芽抗性的QTLs,分布于1D、2D、3A、4A、6D、7D染色体上,其中,在两年环境均被检测到的QPhs.sdau-2D位于2D染色体的标记AX-109836946与AX-109785183之间,对应的物理区间为32.16-46.87Mb,解释了5.79%-10.07%的表型变异率,且加性效应均为正数,表明QPhs.sdau-2D是一个来自抗病亲本烟农999的稳定遗传的抗穗发芽主效QTL。4.根据QTL定位结果,将QTL峰值处两个效应值较大的SNP转换为KASP标记。在群体中的验证表明,KASP分型结果与55K芯片分型结果高度匹配,可以高效地应用于QPhs.sdau-2D位点的分子标记辅助选择育种,并为后续进行精细定位、图位克隆等研究奠定了坚实的基础。5.通过田间农艺性状调查,对株高、穗长、小穗数、穗粒数、单株穗数、粒长、粒宽和千粒重等8个重要农艺性状进行数据分析,结合两年穗发芽抗性鉴定结果,筛选出6份较为优异的种质材料,可作为抗穗发芽种质在育种中的应用。