基于生物信息学手段探索肾小管损伤中相关基因的研究

来源 :广西医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:yusheng05
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目的:通过对肾病相关数据库进行挖掘,基于生物信息学分析手段,对现有的数据进行分析,筛选出在肾小管损伤中可能存在作用的基因。并通过一定基础实验探讨这些基因与肾小管损伤之间的关系。方法:(1)通过GEO(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)进行肾病相关数据挖掘,并通过String(https://string-db.org/)蛋白互作网站、Coexpedia(http://www.coexpedia.org/)基因互作网站、Cytosacpe的GO功能富集分析、KEGG(https://www.kegg.jp/)通路分析和肾病临床数据库(https://www.nephroseq.org)。得出4个多项评分很高的枢纽基因,包括CDC25C和MAD2L1参与细胞周期(hsa0410),BIRC5参与细胞凋亡(hsa04210),EXO1参与DNA错配修复(hsa03430)。并最终选用CDC25C和MAD2L1作为进一步实验的研究对象。(2)通过顺铂对肾小管细胞HK-2进行干预,顺铂干预浓度3.75ug/ml,7.5ug/ml,15ug/ml。通过细胞形态学改变和细胞核改变以及CCK8细胞生长抑制情况检测,建立肾小管损伤轻、中、重模型。随后对不同程度的肾小管损伤模型提取RNA,进行RT-pcr,检测CDC25C和MAD2L1的表达情况;使用CDC25C和MAD2L1的抑制剂对其表达进行干预,并再使用CCK8检测细胞生长抑制情况,评价CDC25C及MAD2L1的表达对肾小管损伤程度的影响。结果:(1)与正常对照组相比,顺铂干预模型细胞形态和细胞核形态发生明显变化,细胞存活率下降,肾小管损伤模型建模成功。3.75ug/ml,7.5ug/ml和15ug/ml细胞存活率分别为83.5%,56.1%,21.1%。细胞的半数抑制浓度约为7.5ug/ml,因此以顺铂浓度7.5作为中度损伤组,顺铂浓度3.75和15分别作为轻度损伤组和重度损伤组进行进一步研究。(2)通过RTpcr对CDC25C和MAD2L1的表达量进行检测,发现CDC25C和MAD2L1的表达随肾小管损伤程度加重逐渐升高,呈正相关。使用抑制剂对CDC25C和MAD2L1的表达进行抑制后,再行顺铂损伤建模,通过CCK8检测细胞存活,发现MAD2L1抑制组的细胞,在轻中重损伤模型中,都出现细胞存活率明显下降。CDC25C抑制组的细胞,在轻中度损伤中细胞存活率没有表现出明显差异,在重度损伤组中,抑制组的细胞存活率有所升高。结论:在肾小管损伤中,损伤程度逐渐加重时,CDC25C和MAD2L1的表达逐渐升高。在肾小管损伤时抑制MAD2L1的表达会导致更严重的肾小管损害。
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