本研究的核心问题是：土地综合整治、耕地保护与粮食安全的相关性关系。我国的基本国情是人多地少。耕地保护问题关乎国家安全，是关系到国家发展、社会稳定和人民生活的大事。土地综合整治是我国为解决人多地少，进而确保粮食安全而采取的一项复杂的社会系统工程，是以耕地保护为总体目标。本研究通过案例分析发现，我国土地资源有限，建设用地与农耕地之间矛盾突出。虽然通过土地综合整治取得了一定效果，但是在整治中还存在一系列的问题：缺乏有效的融资渠道，主要以政府性投资为主；规划管理制度不健全，缺乏一套从规划制定、实施、资金使用和效果评估的制度；新旧农业生产生活方式之间的矛盾，整治使得人地分离矛盾凸显。而这些问题的出现主要是由于没有处理好土地综合整治、耕地保护与粮食安全三者之间的关系。其实，土地综合整治是确保粮食安全和实现耕地保护目标的重要手段；耕地保护为土地综合整治的有序进行和确保粮食安全提供基础资源；粮食安全则是开展这一切活动的基础，三者相互联系，有机统一。然而在现实国情下，却出现了三者“各自为阵”的现象。这源自我国独特的“压力管制”的行政管理体制，中央和地方之间在政策的认识程度和执行力上存在很大差异，两者之间内在的利益博弈促使三者的分裂。为此，需要从宏观、中观和微观三个不同的层面提升土地综合整治效果，即宏观层面，明确粮食安全和耕地保护的国家战略，做好两者的顶层政策设计，同时协调好中央和地方之间的关系，提升国家战略和政策的执行力度；中观层面，针对经济体制和现实情况，优化财政体制和解决“土地财政”问题；从长远和战略性角度，对土地综合整治进行适度调整；微观层面，明确具体耕地保护目标，尤其是四亿高标准农田建设目标，着眼于粮食生产质和量的提升。同时，把耕地保护与官员绩效考核和挂钩，明确考核指标，从制度上提高官员耕地保护政策的执行力度。