红砂(Reaumuriasoongorica)，又名琵琶柴，柽柳科(Tamaricaceae)红砂属(琵琶柴属，ReaumuriaL.)超旱生半灌木，是我国温带荒漠地区广泛分布的建群种和优势种，具有极强的耐旱、耐盐特征。然而，由于受自然和人类活动的长期作用，红砂草地已严重退化和沙化，迫切需要恢复和重建。 应用ISSR分子标记技术，本文对分布于新疆阜康绿洲荒漠过渡带的红砂种群的遗传多样性和遗传结构进行了分析。11条ISSR引物对红砂7个亚种群的132个个体进行扩增，共检测到176个位点，且均呈多态性，即多态位点比率为100％，显示出分布于过渡带的红砂种群内存在较高的遗传多样性。 根据AMOVA分析、Shannon信息指数分析及Neis基因多样性分析的结果，亚种群间的遗传变异占总变异量的比重分别为15.87％、16.28％和14.58％，即83.72％～85.42％的遗传变异存在于亚种群内。亚种群间存在较强的基因流(Nm=2.9290)，与广布植物种的平均值(Nm=3.03)相当，已足以抵制遗传漂变引起的亚种群间的遗传分化。 相关性分析表明，红砂7个亚种群的ISSR遗传多样性与生态因子(主要为土壤因子)的相关性不显著(P＞0.05)。而Mantel检验显示，亚种群间遗传距离与地理距离存在极显著的相关性(r=0.637，P＜0.01)，表明地理距离是影响红砂种群遗传结构的重要因素之一。 同时，本文还对基于ISSR和RAPD的研究结果进行了比较，发现两者间存在明显差异。例如，Mantel检验表明，基于ISSR和RAPD的Neis遗传距离间不存在显著的相关性(r=0.351，P=0.079)；此外，就Shannon信息指数和Neis基因多样性指数而言，RAPD揭示出比ISSR更高的遗传多样性和遗传分化。这些差异很可能是由于RAPD和ISSR所反映的基因组区域的进化模式的不同引起的。其中，ISSR标记很可能呈选择中性或近中性，因而不受或仅轻微受外界选择压力的作用；而RAPD标记(至少一部分)明显受到外界选择压力的影响。