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侧耳、灵芝是我国重要的食药用真菌,其营养、经济和药用价值较高。侧耳属、灵芝属种类繁多,菌种市场比较混乱,同名异物或同物异名的现象常有出现,给食药用菌生产以及科学研究带来不便。因此,开展灵芝属、侧耳属种间和种内菌株的系统进化分析,以及属内重要品种进行遗传多样性分析和评价具有重要意义。本研究利用ITS序列分析方法对129株侧耳属菌株和125株灵芝属菌株进行了种间、种内系统进化关系分析。根据ITS序列的分析结果,采用SRAP标记方法和ITS序列对其中的27株杏鲍菇菌株进行遗传多样性分析;并采用ITS、LSU、TEF1-α基因序列和SRAP标记分析了45株无柄灵芝菌株的遗传多样性。主要研究结果如下:(1)通过ITS序列分析所构建的系统进化树将129株侧耳属菌株分为六个主要类群。大部分属于同一种的不同菌株能够很好地聚在一起。其中,相比所研究的侧耳属其它种而言,Pleurotus ostreatus和Pleurotus floridanus亲缘关系较近。(2)利用SRAP标记和ITS序列对27株杏鲍菇菌株进行遗传多样性分析,其中平均多态性比例为83.3%,平均PIC值为0.36。结果表明,所研究的杏鲍菇材料间的遗传多样性比较丰富,其遗传相似性与地理分布存在一定的联系。(3)通过ITS序列所构建得到的系统进化树将灵芝属125个菌株分成6个聚类群。ITS序列能够很好地区分灵芝属内种间的进化关系,并能对种内部分菌株的亲缘关系进行区分。相比其它种,Ganoderma lingzhi与Ganoderma curtisii亲缘关系较近,但二者为独立的物种;Ganoderma resinaceum和Ganoderma sessile亲缘关系很近。(4)利用ITS、LSU、TEF1-α多基因分析和SRAP标记技术对来自我国不同地区的无柄灵芝菌株进行遗传多样性分析,其中平均多态性比例为82.4%,表明供试无柄灵芝菌株间的遗传多样性比较丰富。聚类分析以及Nei’s遗传距离分析结果均显示,其遗传距离与地域分布存在一定的相关性。