蛇鮈(Saurogobio dabryi)和斑点蛇鮈(S.punctatus),是隶属于鲤科(Cyprinidae)鮈亚科(Gobioninae)蛇鮈属(Saurogobio)的小型鱼类,在嘉陵江分布较为广泛。两种鱼类不仅形态特征极为相似,分布区域也多有重叠,其在嘉陵江流域群体的遗传多样性和遗传结构是否也有着相近的特点?不得而知。已有研究表明,嘉陵江干流各江段蛇鮈种群的生物学特征存在较大差异,而对于遗传多样性和遗传结构等却未有涉及。近年来,嘉陵江航道渠化工程建设进入尾声,因修建水利工程造成的嘉陵江生境破碎化、鱼类资源衰退等问题日益凸显。在这种情形下,鱼类的遗传多样性是否受到影响,是非常令人关心的问题。鉴于此,本研究以嘉陵江干流蛇鮈和斑点蛇鮈为研究对象,采集上游广元市朝天区(CT)、中游广元市苍溪县(CX)和南充市蓬安县(PA)、下游重庆市合川区(HC)四个地点的蛇鮈113尾和斑点蛇鮈109尾为研究材料,采用mt DNA控制区序列和10个微卫星位点作为分子标记,探究其遗传多样性、遗传结构现状,以期为嘉陵江和长江上游鱼类保护工作提供基础资料。主要结果如下:(1)嘉陵江干流113尾蛇鮈的mt DNA控制区序列共检测到39个单倍型,单倍性多样性(h)依次为HC(0.940)、CT(0.929)、CX(0.877)、PA(0.875),核苷酸多样性(π)依次为HC(0.0264)、CT(0.0180)、PA(0.0120)、CX(0.0100),下游群体的遗传多样性略高于上游和中游群体。基于微卫星数据分析的结果也存在相似的趋势:下游HC种群的微卫星位点呈现高度多态性,中上游种群则呈现中度多态性。AMOVA分析显示,遗传分化主要发生在组群间(69.38%)而非组群内个体间(22.23%),中上游(CX和PA、CT)种群的遗传分化较小,而下游(HC)和这两个江段的遗传分化较大;种群结构分析、单倍型网络图分析、系统发育分析均显示,4个蛇鮈种群可分为两个遗传组分,即中上游(CX和PA、CT)和下游(HC)种群;错配分布(mismatch distributions)、BSP分析和mode-shift tests检测显示,4个蛇鮈种群中,CX、PA、HC种群数量均处于稳定状态,CT种群近期扩张趋势。(2)嘉陵江干流109尾斑点蛇鮈的mt DNA控制区序列共检测到33个单倍型,单倍型多样性(h)依次为CT(0.997)、HC(0.960)、CX(0.779)、PA(0.703),核苷酸多样性(π)依次为HC(0.0482)、CT(0.0377)、CX(0.0284)、PA(0.0217),单倍型数目(H)依次为HC(24)、CT(11)、CX(8)、PA(8),整体来讲,下游HC种群的遗传多样性高于中上游种群。微卫星数据分析结果显示,4个斑点蛇鮈种群的微卫星位点均呈现高度多态性。各项遗传多样性参数显示,下游HC种群的等位基因丰度(Ai=8.319)、多态信息含量(PIC=0.739)等均处于较高水平,中游CX和PA种群次之,上游CT种群的遗传多样性处于低水平。AMOVA分析显示,遗传分化发生在组群间(63.65%)而非组群内个体间(0.78%),中游(CX、PA)两个群体的遗传分化较小,其它群体间则处于高度分化水平;种群结构分析、单倍型网络关系图分布、单倍型系统发育树均显示,4个斑点蛇鮈种群可分为三个遗传组分,即上游(CT)、中游(CX、PA)和下游(HC)种群;错配分布、BSP分析和mode-shift tests检测显示,4个斑点蛇鮈种群中,CT种群近期存在扩张,CX、PA种群数量均处于稳定状态,HC种群数量下降,可能经历瓶颈效应。通过比较可以发现,嘉陵江干流蛇鮈和斑点蛇鮈都呈现出下游群体(HC)遗传多样性较中上游群体高的特征,但两者在种群分化、种群结构及种群动态方面存在显著差异。在种群分化和种群结构分析中,嘉陵江各江段蛇鮈种群分为两个遗传组,一组是CT/CX/PA种群,另一组是HC种群;斑点蛇鮈种群则划分为三个遗传组,一组是CT种群,一组是CX/PA种群,另一组是HC种群。在种群动态分析中,斑点蛇鮈的HC种群近期在数量上处于劣势,而蛇鮈的HC种群在数量上处于稳定状态。嘉陵江干流蛇鮈在种群分化、种群结构的划分上与食性、鳞片年轮形成时间、生长方式等划分结果较为一致,而在耳石形态的划分组别中却存在差异,表明自然环境的地理差异和自身遗传差异共同塑造了蛇鮈群体的遗传格局,而航电工程引起的水文条件改变、生境破碎化等不利因素可能正在改变这种格局。