中小股东权益保护是当前证券市场理论界和实务界关注的“热点”问题，特别是在当前股权分置改革的过程中，保护中小股利益的呼声更加强烈。长期以来公司治理常常将重点放在股东特别是大股东与管理层的关系方面，而中小股东与大股东和管理层的关系常常被忽视。保护外部中小投资者的利益，提高本国资本市场的吸引力，投资者特别是中小投资者利益保护机制的建立已经成为中国资本市场面临的现实问题。 首先，在理论分析部分运用委托代理理论，以规范性研究的方法对控股股东侵害中小股东利益进行了分析，认为控股股东与中小股东之间的利益冲突成为公司治理中所要解决的主要矛盾，由此产生的控股股东与中小股东之间的代理问题是控股股东侵害中小股东利益的根源。 在实证研究中，本文通过第股现金股利/每股股权自由现金流这一指标将中国上市公司样本分成低派现公司样本和过度分红公司样本两个子样本，通过分类研究和对比研究来全面研究中国上市公司控股股东侵害中小股东利益的严重程度以及影响因素。研究表明，低派现和超能力派现是大股东侵害中小股东利益的两种形式，而通过低派现“掏空”的利益侵害方式更为隐蔽，更不容易被外部董事等监管者发现；控股股东对中小股东利益的侵害程度与第一大股东的持股比例相关，低派现样本组表现出利益协同效应，过度分红样本组表现出壕沟防御效应。其他控股股东的力量和机构投资者对第一大控股股东的抑制作用并不明显；大盘股的股东更容易通过过度分红的手段侵害中小股东利益。 根据上述结论，本文提出了完善上市公司治理结构，加强监管力度，保护中小股东利益免受大股东侵害的对策和建议。