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辣椒是一种重要的蔬菜作物,辣椒产生的辣椒素类物质用途广泛,已经在食物和医药卫生方面广泛应用。辣椒素含量是一个数量性状,本研究以云南特有的辣椒种质资源12H-56和12H-55为母本和父本,应用主基因+多基因混合遗传模型对辣椒素和二氢辣椒素含量进行遗传分析;利用SSR和Indel标记对F2群体进行分析,构建遗传图谱,对控制辣椒素含量的基因进行QTL分析;对辣椒素合成途径中的相关基因进行序列分析并进行基因表达分析。获得主要结果如下:1.对辣椒素含量和二氢辣椒素含量表型性状进行主基因+多基因遗传模型分析,结果表明,这2个性状均符合B-1模型,即2对主基因控制的加性-显性-上位性效应,主基因遗传率分别为65.80%和75.49%。2.对12H-56和12H-55材料中辣椒素合成途径中的相关基因,包括4CL、ACL、ACS、BCAT、C3H、C4H、FATA、HCT、PAL、PAMT、Pun1基因,进行序列分析,2个材料中只有PAL和HCT基因序列有差异,最终根据HCT基因的差异序列开发了3对d CAPS标记DC1、DC3、DC6。对辣椒果实不同发育时期的辣椒素合成相关基因表达量分析,结果表明2份材料中4CL、BCAT、C4H、PAMT、Pun1、HCT、COMT基因表达量有差异,与辣椒素含量与基因表达量相关性分析相结合,表明HCT基因可能导致了辣椒素含量的差异。3.利用1227对SSR和Indel引物对亲本进行多态性筛选,检测到143对具有多态性的引物。采用Joinmap 4.0软件极大似然法和回归法构建了2个遗传图谱,采用回归法构建的遗传图谱速度比较快,同时连锁群标记之间的距离较小而且准确。把开发的d CAPS标记添加到图谱中构建了G3图谱,包含16个连锁群,146对多态性引物,图谱长度为934.92 c M,平均图距7.48 c M。4.利用QTL ICimapping4.0软件,结合辣椒G3图谱和F2群体的表型数据,检测到11个控制辣椒素和二氢辣椒素性状的QTL,单个QTL贡献率5.01%~28.88%。11个QTL分布于LG1、LG11、LG12、LG16连锁群上。控制辣椒素含量的q Cap-12-1和控制二氢辣椒素含量的q Dicap-12-1分布同一个区间,即标记GPMS187和AM396之间。