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水生丝孢菌是指栖息在淡水中外来有机物质主要是已死的各类植物组织上的一类丝状真菌。分生孢子相对大,多数呈十字形或S型,分类学上属子囊菌和担子菌的无性态。真菌的无性态比有性态生长更快,产生更多的孢子,在生态功能和工业应用上具有更大的潜力。迄今为止,和有性态联系起来的水生丝孢菌不到已描述分类单元的10%,所以其分类主要是基于无性态特征,而依据无性态特征建立的分类系统,不能反映彼此之间的亲缘关系,再则,水生丝孢菌长期分布在水环境中,因适应水环境孢子形态之间已存在趋同进化,使得依赖孢子形态特征进行的分类也存在诸多憋端,主要体现在部分属的多系性上,所以对水生丝孢菌分子系统学的研究势在必行,而目前该类真菌的分子系统学研究比较零星。鉴于此,本论文联合ITS,18S,28S,TEF对105株分属于60个属的分离自淡水环境中植物叶片上的丝孢菌进行了分子系统学研究,得到以下研究结果：1.60个属约102个种的105株水生丝孢菌分属于子囊菌门和担子菌门,在子囊菌门之下分属于盘菌亚门的五个纲：粪壳菌纲(Sordariomycetes),座囊菌纲(Dothideomycetes),锤舌菌纲(Leotiomycetes),圆盘菌纲(Orbiliomycetes),散囊菌纲(Eurotiomycetes)。担子菌门主要属于伞菌纲(Agaricomycetes)。2.结合与在NCBI中用ITS Blast搜索到的相近序列的比较,首次确定了17个属无性态真菌的系统学位置：Pseudoanguillospora, Trichomatomyces, Solosympodiella, Ardhachandra, Corynesporella, Pseudobeltrania, Selenosporopsis, Umbellidion, Matsushimomyces, Aschizotrichum, Chaetopsis, Haplobasidion, Pleurotheciopsis, Spermospora, Brachydesmiella, Uncispora, Seychellomyces。3.结合系统学研究和ITS序列相似度的分析,首次将Mammaria, Helicomyces, Haplobasidion, Triscelophorus, Uncispora, Seychellomyces, Trichocladium7个属与其有性态相联。4.联合多基因分析的结果,发现形态学上鉴定为Diplosporium的两个种分布在Hypocreales的两个科中；Helicomyces的两个种分布在Hypocreales和Xylariales两个目；Mammaria的两个种分布在Hypocreales和Xylariales两个目。以上研究初步表明3个属的多源性。5.通过对13个产四散型孢子的典型水生丝孢菌种的分子系统学研究,结果显示它们分别分布在Sordariomycetes、Leotiomycetes和othideomycetes三个纲中,表明这些亲缘关系较远的水生丝孢菌发生了趋同进化,形成了相似的孢子形态。