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普通小麦在起源过程中，绝大多数的四倍体小麦和节节麦居群没有参与该过程，导致遗传基础狭窄，多样性远远低于供体物种。供体物种四倍体小麦和节节麦的大量遗传变异，在目前普通小麦群体中不存在，它们为普通小麦育种提供了一个巨大的基因库。国内外的研究证明，小麦供体物种遗传多样性的有效利用是实现小麦育种突破的一个重要途径。目前，以人工合成小麦为“桥梁”，用普通小麦优良品种（系）不断回交选育获得了高产小麦品种“川麦42”、“蜀麦969”等。但是，尚不清楚人工合成小麦实现产量突破的遗传基础。 本研究以前期选育获得的综合性状优良、产量高的人工合成小麦SHW-L1改良小麦新品种（系）为材料，利用多样性序列芯片技术(Diversity Arrays Technology，DArT)对源于人工合成小麦SHW-L1的外源染色体区段检测获得的数据进行了初步分析，结果如下: 1.在覆盖小麦全基因组的2562个DArT分子标记检测的结果中，获得了1148个可靠的DArT标记，基于DArT标记进行聚类分析发现:遗传差异与普通小麦相差很大的两个人工合成小麦SHW-L1与Syn769聚在了一起独立成第一大类，其他的普通小麦亲本与改良品系后代聚成了第二大类。同时，分子标记聚类分析结果与材料系谱来源基本一致。 2.各亲本特异标记统计结果表明:不同的普通亲本间都存在一定的遗传差异，不同组合中都呈现出人工合成小麦SHW-L1的特异标记数远远高于其他普通小麦亲本材料的特异标记数，表明人工合成小麦SHW-L1相对于其他普通小麦其亲本遗传差异很大。后代染色体上多态性标记分析发现，在D基因组上分布的多态性标记数目低于A、B基因组上的分布。同时，在后代中含有从人工合成小麦SHW-L1导入的特异标记，在后代中所有染色体上都能找到其特异标记，其他普通小麦亲本的特异标记则只分布于部分染色体上，一些染色体上并没有找到特异标记。 3.对“蜀麦969”及其姊妹系的外源染色体区段初步分析，表明:后代中明确有五个外源染色体区段来源于SHW-L1和一个外源染色体区段来源于Syn769，可能在育种中具有重要的价值。来自于同一个F4单株的E1和E2(蜀麦969)之间只在标记wPt-6941(1A，55.86)处存在差异，来自于同一F5单株的E3和E4之间只在标记wPt-5907(1B，167.52)处存在差异，这就为今后以单个“染色体区段”作为研究对象进行育种评价和进一步的研究提供了很好的研究材料。