我国已经要求上市公司必须进行内部控制审计，但是对于内部控制审计收费已放开价格，会计师事务所应该按照相关法律法规的规定，做到保证内部控制审计质量合格、价格合理，使内部控制审计收费市场起到决定性的作用。本文对我国上市公司内部控制审计收费影响因素进行了分析和验证，为我国内部控制审计收费市场的监督管理和会计师事务所内部控制审计收费提供了理论依据。本文对影响内部控制审计收费的因素进行了一系列的分析，结合了委托代理理论、博弈理论、成本补偿理论和市场供需理论，并概括描述了我国内部控制审计收费的现状，最后实证部分选取了2012年和2013年沪、深两市主板上市公司中单独披露了内部控制审计收费的公司作为研究样本，对公司治理结构、审计业务的复杂性、会计师事务所声誉、上市公司所在地区和股权性质等因素进行了描述性统计和多元回归分析。结果表明：会计师事务所声誉越好，品牌价值越高,上市公司所在地人均GDP越高，内部控制审计收费也越高；内部控制审计收费与审计业务的复杂性也成正相关关系，但影响不是特别大，可能是因为选取的存货和应收账款占总资产的比重作为替代变量不能完全表示公司审计业务的复杂性，但却有一定的影响，对此还应该考虑子公司数量、经营范围等因素；代表公司治理结构的独立董事所占的比例越大，内部控制审计收费也越高，这与假设相反，可能的原因是独立董事所占的比例越高并不能说明公司董事会治理的越好，独立董事能否发挥其监督、制衡作用还取决于独立董事的独立性和勤勉度；而实际控制人是国有的公司，内部控制审计收费会相对较低，因为一般情况下注册会计师认为国有控股的上市公司内部控制审计风险较低，因此会对其收取较低的审计费用。通过以上对内部控制审计收费影响因素的研究，本文最后提出了一系列的政策建议并对未来相关方面的研究进行了展望。