近年来,作为新兴的资本市场——新三板市场的发展呈现突飞猛进的态势,成为了全球发展最快、规模最大的市场之一,但同时也面临着巨大的管理难题。由于新三板市场实行备案制,准入门槛较低,导致挂牌企业内部控制方面问题丛生。自2013年6月全面扩容以来,企业因内部控制存在问题而违规,被迫退出市场的情况层出不穷,因此新三板企业更需要不断完善内部控制,加强自身的运营管理能力,提高公司治理水平。本文采取案例分析的研究方法,选取新三板挂牌公司中在肥料行业中有一定知名度并且内部控制方面问题典型的Q公司作为研究对象。首先运用COSO内部控制的五要素梳理国内外内部控制方面的研究成果,对COSO内部控制理论进行了研究阐述,总结概括了我国内部控制制度和规范的发展历程。接着从三方面解释为什么新三板企业的内部控制问题值得被关注;第一,新三板市场发展速度快,但因内部控制问题而被迫退市的公司日益增多,引起国家高度重视。第二,新三板市场与主板、创业板等在制度方面侧重点不同,有其独特的市场地位。第三,新三板市场的准入条件看似宽松,但实际却对挂牌企业的内部控制提出了较为严苛的要求,其准入条件中对内部控制的要求与我国《企业内部控制基本规范》的要求相一致,即便如此,许多新三板公司挂牌后内部控制还是出现了问题并被迫退市。因此新三板企业的内部控制问题具备研究价值,紧接着提出了新三板企业内部控制建设面临的主要问题。然后以COSO内部控制五要素为基点,对Q公司内控存在的问题进行分析和归类,总结问题出现的原因,并提出相应的改善建议。最后总结全文,从内控环境、内部审计、风险管理、沟通体系、监督五个方面对新三板企业完善内部控制提出了改进和完善的意见。文章期望通过结合新三板企业内部控制建设面临的困境和案例研究的成果,为准备挂牌新三板和已经成功挂牌新三板的企业在改善内部控制存在的问题上提供参考和借鉴。