21世纪,全球竞争日益加大,各国都在依靠创新驱动经济增长。但是,就我国而言,必须清楚的看到,尽管创新的投入每年都在不断增大,实际转化为创新的产出远不及投入的强度,这就涉及到效率的问题。所以创新效率的科学衡量与测算是一项重要的工作。当前大部分的学者研究创新效率的时候,都把创新的过程看成是一次性的。但是,其实从创新资源的投入到创新成果产出最终能被企业所利用带来经济价值是一个复杂的过程,需要分阶段去解剖这个过程,对每个阶段分别去研究其效率问题,从而可以使研究的更具体、深入。本文根据创新过程的特点将创新过程分为创新研发和创新应用两个阶段,并在两个阶段分别选取合适的投入产出指标。在区域创新效率评价上利用BCC模型和DEA-Malmquist指数模型分别从静态和动态两个方面对我国26个省市地区进行测算。据此比较两个阶段各个省市区域创新效率的差异和历年区域创新效率的动态变化。然后对于所测算的区域创新效率,进一步地通过构建空间计量模型对我国区域创新的空间外溢效应和价值链外溢效应进行研究。通过实证发现,我国区域创新系统在创新研发和创新应用两个阶段的效率都比较低,创新研发阶段综合技术效率为0.72,创新应用阶段综合技术效率为0.44。对综合技术效率的分解发现两个阶段规模效率都大于纯技术效率,说明我国区域创新是规模拉动型的。区域创新地域差异较大,并且两个阶段也有所不同。创新研发阶段,东部和中部创新效率要低于西部和东北地区,但是在创新应用阶段,东部和中部又明显高于西部和东北。从动态角度来看,创新研发阶段的效率增长非常缓慢,创新应用阶段效率变化率较高,增长较快。对于区域创新的价值链外溢效应,存在着价值链前端(一阶段)对价值链后端(二阶段)单向的溢出效应,而价值链后端对前端则没有显著的促进作用。对于空间溢出效应,两阶段均有不同程度的空间聚集现象,但创新应用阶段的溢出效应更为明显。控制变量中,政府和金融机构在创新研发阶段起到促进作用,在创新应用阶段则有不同程度的抑制作用,创新主体科技经费支出、劳动者素质、产学研合作程度都会对两阶段创新效率有着显著的正向影响。