科技特派员制度是对农村科技服务体系的制度创新，是源于实践的机制、体制创新。科技特派员制度实施以来，对于农民收入增加、农村社会发展做出了贡献，受到广泛关注。本研究以相关经济理论和定量分析方法为基础，从理论分析和实证分析两个方面对科技特派员制度运行机制进行研究，以期为科技特派员制度运行机制的构建提供科学性的建议。本研究分析了科技特派员制度的起源及发展现状，并从经济学角度分析了科技特派员制度的产生和发展；在此基础上概括了科技特派员制度的内涵及特征，对科技特派员制度运行机制进行了理论分析；在实地调研的基础上，概括了新疆科技特派员制度6种典型的运行模式，深入分析了各种模式的运行方式及特点，并对新疆科技特派员制度的运行机制现状及问题进行了深入地剖析；运用农技推广学理论、经济学理论，分析了影响科技特派员制度运行的主要因素；提出了构建科技特派员制度运行机制的基本原则，并构建了宏观调控机制、供求均衡机制、人才流动机制、利益驱动机制、风险防范与补偿机制、信息传递机制等6项科技特派员制度运行机制。