实时定量PCR检测血中肠道菌DNA及快速药敏试验的方法研究

来源 :中国协和医科大学 北京协和医学院 中国医学科学院 清华大学医学部 | 被引量 : 0次 | 上传用户:rian2sd
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本研究的目的是建立利用实时定量PCR(RQ-PCR)检测血标本中肠道菌DNA的方法并对临床标本进行初步检测,并建立RQ-PCR快速检测肠道菌在LB液体培养基和健康人全血中对抗生素敏感性的方法,以期能初步了解外科发热患者中肠道菌菌血症的现状,并建立快速药敏方法以便有利于指导治疗。 在论文第一部分中,选择脆弱拟杆菌谷氨酰胺合成酶基因作为靶基因设计引物和TaqMan探针,建立20μl的RQ-PCR反应体系,采用含靶基因特异性扩增片段的重组质粒建立标准曲线,并采用High Pure PCR Template Preparation Kit提取基因组DNA,建立实时定量PCR.检测血标本中脆弱拟菌DNA的方法学,并对32份外科发热患者的标本进行了临床验证。结果显示引物和探针特异性好,检测灵敏度为10<0>拷贝/μl(10<3>CFU/ml),标准曲线相关系数在0.985~0.999之间。不同浓度的脆弱拟杆菌样本检测的平均准确性为(107.30±2.11)%;批内及批间重复性平均变异系数(CV)分别为(18.44±1.16)%和(19.00±4.47)%。血标本中脆弱拟杆菌DNA平均提取效率为(60.13±5.66)%,提取效率平均变异系数为(15.62±2.47)%。含有同等量脆弱拟杆菌的临床血标本存放在-20℃或-70℃ 6个月内,脆弱拟杆菌DNA拷贝数差异无显著性(P=0.467~0.840),该方法可用于临床标本的脆弱拟杆菌DNA检测,并具有快速、灵敏、特异、重复性好的优点。 论文第二部分,采用此方法学对32例外科发热患者的84份血标本进行了实时定量PCR检测。结果显示10个标本检测到脆弱拟杆菌,阳性率约为11.90%,含量约1.78~9.24×10<3>CFU/ml,所有患者的血培养结果均为脆弱拟杆菌阴性。 论文第三部分,在含有相同浓度大肠杆菌的LB液体培养基和血中,分组加入不同的抗生素,并设立生长对照,分别培养1、2、3、4小时后提取标本的基因组DNA,以本研究组先前建立的实时定量PCR检测大肠埃希菌DNA的方法,对标本进行检测,观察不同抗生素组和生长对照组的生长曲线,来判定药敏结果,并与纸片法进行比较。结果显示实时定量PCR检测大肠埃希菌在LB液体培养基和健康人全血中对抗生素的药物敏感性,结果与常规纸片法一致,但更快速。综合研究结果显示,实时定量PCR技术不仅可用于定量检测患者血中的肠道菌,检出率及速度高于血培养;同时可用于对血中的肠道菌进行快速、准确的药物敏感性试验。
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