基于二维液相色谱-质谱技术的结直肠癌中CKMT2的表达及生物信息学分析

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目的:本研究利用生物信息学分析、二维液相色谱-质谱联用技术、免疫印迹方法及免疫组化技术挖掘了结直肠癌(Colorectal cancer,CRC)组织和癌旁组织中CKMT2表达的差异情况;通过酶联免疫吸附实验分析CKMT2在结直肠癌患者和健康者血清中的表达水平,分析CKMT2的表达情况与结直肠癌患者临床病理资料之间的联系,初步探讨CKMT2对辅助结直肠癌临床诊断及预后判断的价值。方法:1.运用公共数据库,对CKMT2进行生物信息学分析,整理数据,探索其与结直肠癌的关系。2.利用二维液相色谱-质谱联用技术构建结直肠癌的差异蛋白表达谱,表明CKMT2在结直肠癌组织中上调表达。3.用免疫印迹(Western blot)方法验证CKMT2在结直肠癌组织及癌旁组织中的表达情况。4.用免疫组织化学技术验证CKMT2在结直肠癌组织及癌旁组织中的表达情况。5.通过酶联免疫吸附实验(Enzyme linked immunosorbent assay,ELISA)检测CKMT2在结直肠癌患者与健康者血清中的表达水平,分析CKMT2的表达情况与结直肠癌患者临床病理资料之间的联系。结果:1.Oncomine数据库和Timer2.0数据库分析结果显示CKMT2 m RNA在结直肠癌组织中较正常组织上调表达。TISIDB数据库分析结果表明CKMT2基因的表达在结肠癌和直肠癌的各种分子亚型中差异显著。Progno Scan数据库分析结果表明CKMT2表达情况与总生存期、疾病特异生存期和完全缓解无病生存期均无明显关联性。c-Bio Portal数据库结果显示,位于氨基酸0和419之间,CKMT2基因有12个突变位点(11个错义突变和1个框内突变)。CKMT2基因在结直肠癌中的共表达基因,按照相关性,前10位关联最强的基因依次为SLC6A4、PLA2G12B、ACSL6、LY6G6D、SLC30A2、CEL、OIT3、CELP、SLC22A11、SLC22A11。其中,与CKMT2共表达相关性最强的基因是SLC6A4,其m RNA水平与CKMT2呈正相关(Spearman’s Correlation=0.60,Pearson=0.34)。STRING数据库得出GAMT、MB、CKM、ALDOA、LDHAL6A、LDHAL6B、RAB28、LDHC、LDHB等蛋白与CKMT2蛋白的联系密切相关,发现CKMT2蛋白的主要分子功能是L-乳酸脱氢酶活性、肌酸激酶活性、催化活性等。其参与的主要生物学过程包括磷酸肌酸生物合成过程、肌酸代谢过程、肌肉收缩、丙酮酸代谢过程、细胞修饰氨基酸生物合成过程等。2.二维液相色谱-质谱联用技术结果:(1)Venn图展示了在Ⅱ期结直肠癌及癌旁组织、Ⅲ期结直肠癌及癌旁组织样本中共同的差异蛋白有381个。(2)IPA(Ingenuity Pathway Analysis)软件分析差异蛋白经典途径,结果显示在Ⅱ期结直肠癌中,相对于癌旁组织,结直肠癌组织中蛋白合成、氧化磷酸化、TCA循环等明显激活,而细胞骨架、Rho GDI等通路明显抑制。在Ⅲ期结直肠癌中,相对于癌旁组织,结直肠癌组织中蛋白合成,PI3K、AKT、PKA等通路明显激活。(3)CKMT2为上调表达蛋白之一。3.Western blot结果:CKMT2在结直肠癌组织中的蛋白表达显著高于癌旁组织。4.免疫组化结果:CKMT2在结直肠癌组织中的蛋白表达显著高于癌旁组织。5.ELISA结果:结直肠癌患者血清中的CKMT2蛋白浓度显著高于健康者血清中的CKMT2蛋白浓度,P<0.05。CKMT2蛋白的表达水平和患者的性别、年龄、有无淋巴结转移、肿瘤位置、肿瘤分化水平、肿瘤大小无显著相关性。结论:1.CKMT2在结直肠癌组织中高表达。2.CKMT2在结直肠癌患者血清中高表达。3.CKMT2有望成为结直肠癌有价值的生物标志物。
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