基于二代测序数据研究神经母细胞瘤中的RNA编辑现象

来源 :华东师范大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:xiazaiyigeshishi
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近年来,越来越多的研究指出RNA编辑作为一种转录后修饰行为,通过改变编码区域和非编码区域的序列,不仅增加了蛋白质的多样性,而且在转录后的调控过程中也扮演着非常重要的作用。RNA编辑事件被多次报道与癌症有关,例如乳腺癌、前列腺癌等,目前关于神经母细胞瘤中RNA编辑事件的研究还比较少。本文通过提出一个只利用RNA测序数据检测RNA编辑事件的分析流程,通过验证得出本文的分析流程具有很高的准确率,并利用这个分析流程分析了497个神经母细胞瘤样本中的RNA编辑事件。通过分析,总共发现645,603个RNA编辑事件,但是不同样本之间的重合度非常低。通过分析不同期神经母细胞瘤样本中发生的RNA编辑事件,发现每一期疾病样本中独有的RNA编辑事件所占的比例非常高;分析不同诊断年龄神经母细胞瘤样本中的RNA编辑事件,结果表明诊断年龄接近的样本组之间的RNA编辑事件的重合度更高;通过分析高危组和中低危组样本中RNA编辑事件的编辑度,揭示了大多数RNA编辑事件的编辑度在高危组病人中显著地低于中低危组病人,并且这些RNA编辑事件所处的基因中有些已经被报道过与神经母细胞瘤密切相关,例如NTRK1, CHD5和DNAJC11;通过分析RNA编辑事件与OS d和EFS_d之间的关联性,得出所有样本共同发生的RNA编辑事件的编辑度与OS d和EFS_d没有显著的相关性;最后,分析了外显子区域发生的RNA编辑事件,结果显示病情较好的样本组中发生的非同义突变RNA编辑事件的个数反而更多。本文的研究结果表明,大多数RNA编辑事件对于人体的健康发展是有利的,这些RNA编辑事件不发生或者RNA编辑事件编辑度降低可能会导致神经母细胞瘤病情的恶化。
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