为了完善我国的社会主义市场经济体制和促进发展方式变革，必须依赖科技进步和管理创新的驱动，而要加速科技体制的改革，推动科技与经济的紧密结合，则需要加快建设整个国家的创新体系，着力构建以企业为主体、市场为导向、产学研相结合的技术创新体系，提高科学研究水平和成果转化能力。国家高新区作为带动区域经济增长的引擎，是实施国家创新战略和发展高技术产业的主要阵地。因此，正确认识和评价高新区创新体系的现状，对加快提升国家高新区创新能力是十分重要的，目前关于高新区的研究主要局限于集群理论、协同创协理论等，尚缺乏基于创新价值链视角的高新区创新体系评价的研究。　　因此，本文在梳理已有相关文献的基础之上：首先，明确了基于创新价值链的国家高新区创新体系概念，从国家高新区的涵义、创新主体、创新行为过程，把高新区的创新过程分为了知识研发过程、成果转化过程、创新产出功能的三阶段创新过程；其次，从创新价值链多阶段创新模型出发，构建了国家高新区创新系统评价体系，研究高新区不同创新过程中的创新能力及产出功能的影响因素；第三，基于创新价值链的三阶段创新理念，构建了高新区的知识转化、成果转化、创新产出结构方程模型，探索国家高新区的知识研发创新能力、成果转化创新能力、创新产出功能三者之间的关系；第四，运用因子分析的方法对我国的114家国家高新区创新系统进行评价与分析，对评价系统指标体系进行因子分析，提取主因子，分析影响因素，基于主因子分别对114个国家高新区进行排序，分析其创新能力和产出功能；第五，对基于创新价值链的高新区创新系统结构方程模型进行假设验证，检验国家高新区的知识研发创新能力、成果转化创新能力、创新产出功能三者之间关系的假设是否成立；第六，运用聚类分析法对114个国家高新区进行分析，探索我国家国高新区创新价值链上的创新能力与产出功能的匹配程度。　　本文的主要研究观点和结论有以下几点：第一，基于创新价值链上的我国国家高新区的区域创新能力差异较大，呈现出东部、中部、西部依区域不同依次递减的现象；第二，基于创新价值链的高新区知识研发创新能力对成果转化创新能力有正向影响，并且成果转化创新能力和创新产出功能之间也正相关；第三，结构方程模型的路径系数结果说明，不同因素对与其相对应的能力或者功能的影响程度大小不一；第四，基于创新价值链的高新区的知识研发创新能力主要体现在区域高等院校和研究与开发机构等主体的知识科研能力上；第五，高新区的成果转化创新能力主要体现高新区企业和政府等创新主体的运用知识和科技产出实用性价值的能力上。