全基因序列变值图示研究

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DNA序列是由A、G、C、T类型的碱基所组成的一串携带着遗传基因的DNA分子的一级结构,隐藏着丰富的信息且具有复杂的生物学意义。从DNA序列中挖掘并解读其结构和功能,是一个重要的研究方向。而变值逻辑体系和测量方法作为近年来提出的一种新型的逻辑体系对于随机序列的测量以及具有对称性的数据类型处理具有良好的测量效果,是一种可靠和有效的分析工具。结合其可视化方法,能直观便捷地展示不同物种及编码和非编码序列间的特征及区别,有效地从海量的DNA序列数据中提取特征信息。本论文主要基于变值逻辑体系,结合相关统计学方法,提出了一种高效简洁的长DNA序列特征测量可视化的系统模型和方法,通过分段统计不同基对的含量,构造了不同基对间全排列的函数组合空间。该模型主要包括预处理、测量、可视化三个模块,论文在建立了该模型的基础上选取了大量不同种类生物数据,对从微生物到哺乳动物不同层次的生物以及其编码区和非编码区序列进行不同组合概率测度计算,并对其进行2D和3D可视化特征分析。从测量及可视化结果来看,本文提出的系统模型能有效显示出相同物种编码及非编码区的不同特征,以及不同物种间的特征差异性,同时结果也显示出高等哺乳动物如猿猴黑猩猩人类等具有与其它物种不同的特征。这表明该模型能高效快速地对大量不同类型的DNA序列进行特征分析并为进一步可视化以及分类提供基础。
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