随着经济的发展，环境公共利益屡遭损害，这是由于环境公共利益本身所固有的抽象性和不确定性导致在涉及公益诉讼的诉权时，要么是享有诉权的主体没有能力提起诉讼，要么是没有人愿意代表公益提起诉讼，出现有环境损害而无救济的情况。在学界，就建立环境公益诉讼制度已经达成共识。在《民事诉讼法》和《环境保护法》修订后，我国已经初步确立了环境公益诉讼制度，通过这两部法律的修改历程可以看出，原告的选择是环境公益诉讼制度的焦点问题，行政机关和有关环保组织在这两部法律中被赋予了原告主体资格。本文搜集了2007年至2014年之间的42起主要环境公益诉讼案例，这些案例显示出在实践中环境公益诉讼原告有检察机关、行政机关、环保组织以及个人，其中检察机关和个人做原告没有直接的法律依据。从理论上来看，以上各类主体都有资格成为环境公益诉讼的原告。不能单纯的以公民个人诉讼能力有限以及基于滥诉的担忧而否定公民个人的诉权，司法救济是环境公益损害救济的最后保障，应当由更有能力的主体来行使诉权，以便更好的保护环境公益。为此公民个人的诉权应当做出牺牲和克制，并由健全的举报监督机制来弥补，同时在实践探索中应逐渐放宽公民个人的原告资格。环保组织是环境公益诉讼的最佳主体，其做原告有明确的法律依据，并且具有其他主体无法比拟的优势。但目前环保组织囿于法律规定、资金来源不足、人才缺乏等问题没能充分发挥作用，政府应当大力支持环保组织的发展，提高参与环境公益诉讼的能力。行政机关虽然具有行政执法手段，但有时行政手段不足以达到救济的目的，因此在行政机关穷尽行政管理手段时有必要向法院提起诉讼。检察机关代表国家利益，当环境公益受损时检察机关可以运用公诉权维护环境利益，但检察机关做原告尚没有直接的法律依据，建议在修改《检察院组织法》时加入关于检察机关享有公益诉权的规定。在制度设计上，要充分考虑各类主体的地位及作用，做出良好的制度设计，使环境公益诉讼制度可以有效运行。完善公民个人举报监督机制；畅通环保组织行使诉权的路径；行政机关在穷尽行政管理手段后可以成为环境公益诉讼的原告；检察机关做原告应当保持谦抑性，只有在其他原告缺位时可以做原告，而以支持起诉人的身份参与到环境公益诉讼中是更好的选择。环境行政公益诉讼的提起应当设置前置程序，保障行政管理权的优先行使。