科学技术是第一生产力。科技发展作为经济增长的决定性因素,自党的十八大以来,习近平总书记把科教兴国和创新驱动发展战略放在国家发展的核心位置。根据国家统计局公布的《2017年全国科技经费投入统计公报》显示,我国的科研经费投入逐年增加。但近年来在科研经费使用的过程中暴露出来的问题也越来越多,对科研经费的使用得到各级政府和人们的高度关注。绩效审计是全面评价科研项目效果的重要方法,能揭示影响科研经费使用高低的问题所在,并对被审计单位提出整改建议。新时期对开展好科研经费绩效审计提出了更高的要求。本文以加强科研经费管理为背景,通过学习和借鉴国内外科研经费管理和绩效审计的经验,探讨更加科学管理科研经费方法。本文基于绩效审计的理论方法,结合科研项目的特点,在分析推动科研经费绩效审计发展的现实依据和政策依据的基础上,重点阐述绩效审计中项目管理、方法体系、指标体系。进一步运用平衡计分卡理论,构建科研经费绩效审计指标框架,并利用调查问卷专家确定各项指标的评分标准,之后将此绩效审计指标体系运用于S研究院进行实证研究,计算S研究院2016-2018年科研经费的绩效审计结果,提出相关建议。目前,我国科研经费绩效审计体系尚未完善,对科研经费绩效审计的研究显得十分必要,也是在“全面实施绩效管理”背景下保持经济持续健康发展的必然选择。以S研究院为对象的案例分析,对于强化绩效审计在科研项目的应用,检验绩效审计体系的科学性和合理性具有现实价值,也助于推进科研项目的健康发展。