随着我国电子商务行业的快速崛起,大量专利侵权假冒行为亦随之出现,这既损害了专利权人的合法权益,影响了消费者的购买信心,同时也扰乱了电子商务市场的正常交易秩序,阻碍和制约了电子商务行业的健康发展。在电子商务市场环境下,一方面由于其交易的虚拟性和隐蔽性等特点,增加了对假冒专利行为的监管和查处难度;另一方面,由于电子商务行业具有交易效率高、产品更新快等特点,当专利权被侵犯后,如何及时、准确地制止侵权行为成为了专利权人的首要诉求。传统的专利行政执法和司法保护模式,已经难以满足电子商务领域对专利权保护的实际需求。本文首先详细梳理了我国在电子商务领域专利权保护方面立法、司法和专利行政执法的现状及问题,深入分析了电子商务领域专利权保护方面的特点与难点。结合电子商务行业专利维权的需求特性,对比分析专利行政执法和司法保护在处理专利侵权纠纷方面的各自优缺点,从而凸显出专利行政执法在电子商务领域专利权保护方面的优势,同时也指出了目前电子商务领域专利行政执法保护机制存在对假冒专利行为打击力度不够、行政执法职能作用难以凸显和专利侵权纠纷处理程序和判定规则不完善等问题。最后,提出应按照依法行政与务实创新相结合、纠错与预防并重、线上和线下协同治理的原则,通过修改完善相关法律、加强专利行政管理部门市场监管职责、建立行政执法跨地区跨部门协作机制以及优化维权援助服务等方式,对我国电子商务领域专利行政执法保护机制予以完善。