应用外显子测序对非综合征性唇腭裂核心家庭致病基因的初步筛查

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背景:唇腭裂是口腔颌面部最常见的先天性畸形,据报道,我国新生儿唇腭裂的发病率约为1.82‰。依据唇腭裂患儿是否还有其他身体器官畸形,将颌面裂隙分为综合征型唇腭裂(syndromic cleft lip/palate SCL/P)和非综合征型唇腭裂(non-syndromic cleft lip/palate NSCL/P)。SCL/P的病因较为明确,主要是由染色体异常或单基因突变造成的,而NSCL/P是一种多基因遗传病,由遗传因素和环境因素交互作用引起的。NSCL/P具有明显的遗传异质性,但基因的筛选、定位及分析方法仍是其病因学研究的难点和热点。目的:应用全外显子组技术筛查皖北地区非综合症性唇腭裂患儿及其健康父母的致病基因方法:在2018.01-2018.06期间收集18例血样样本(包含6组核心家庭,每个核心家庭包括一个完全性唇裂加腭裂患儿和患儿父母,患儿父母均为健康人无其他先天性疾病)。6组核心家庭均来自于皖北地区。步骤:1、详细检查家族成员基本情况排除其他先天性畸形,抽取患儿及其父母肘静脉血5ml,EDTA抗凝,-80℃保存,保存期间避免反复冻融。采用天根血液基因组提取试剂盒进行提取。2、外显子捕获与富集外显子基因序列:利用安捷伦人类全外显子组捕获试剂盒将基因上的外显子捕获下来。3、文库质检:先使用Qubit荧光定量仪初步定量,再使用二代测序仪(Caliper科技公司)对文库的插入片段实施检测,在达到预期后,qPCR技术准确定量文库的有效浓度(3nM),使文库的质量得到保证。4、运用Illumina平台,PE150的测序策略进行测序,保证平均深度100x的需求。5、获得原始测序序列(Sequenced Reads)之后,使用参考基因组或参考序列(GRCh37/hg19)来对数据质量进行有效评估。6、检测出的突变位点结果进行程序化的筛选。结果:针对筛选出的候选基因,依据美国医学遗传学与基因组学学会变异分类标准的SNP新生突变可能致病性和SNP或InDel的复合杂合标准再进行筛选,共得到ASRGL1、BAG6、DNAH3、LGR6、RHPN2、PPM1E、WDFY3、ADGRB3、UNG、LPIN310个候选基因的11个突变位点。结论:非综合征性唇腭裂发病机制复杂,涉及多基因的多位点的突变情况。一个或多个候选基因的改变可能会破坏口腔发育或者导致唇裂。非综合征性唇腭裂是最常见和最令人苦恼的先天性出生缺陷之一,这一多因素疾病背后的生物学机制尚不完全清楚。目前,遗传和环境因素是需要紧迫研究的主题,因为这些信息对于创造遗传咨询和预防疾病的发生至关重要。然而通过外显子测序技术可以发现新的可能致病基因,为优生优育提供诊断依据,同时也进一步丰富了先天性非综合征性唇腭裂患者基因突变的基因库。
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