蛋白质分子的三维结构决定蛋白质分子的功能,蛋白质分子的结构和生物活性状态对于理解和治愈多种疾病有重要的意义。因此,获得蛋白质的三维结构就显得尤为重要。实验室结构测定的局限性和高代价,使得蛋白质结构预测成为生物信息学研究领域的热点问题。为便于蛋白质结构预测算法的测试和改进,实现进一步提高蛋白质结构预测工具的易用性以及可扩展性的目的,本文设计开发了蛋白质结构预测软件,以期达到预测蛋白质结构的目的。本文的主要工作和成果如下：1.阐述了蛋白质结构预测问题研究背景以及意义,并且对现有的蛋白质结构预测软件以及在线Web预测服务器进行了介绍。2.介绍在蛋白质结构预测领域使用广泛的两个软件平台Rosetta和I-TASSER,并且系统介绍Rosetta和I-TASSER的基本架构以及核心组件。3.在阐述蛋白质结构预测软件开发需求分析的基础上,重点考虑现有蛋白质结构预测软件存在的易用性问题,基于软件工程原理,设计蛋白质结构预测软件主体框架结构、模块结构以及表现层结构。4.基于Rosetta和PyRosetta开发平台,使用面向对象的Python编程语言,采用wxPython开发包设计蛋白质结构预测软件的界面,开发完成构象空间退火模块(CSA模块)、差分进化模块(DE模块)、树结构模块(Tree模块),实现蛋白质构象能量空间优化功能。5.基于Linux平台,设计开发蛋白质结构预测软件,DNA结合蛋白(1ENH),免疫球蛋白结合蛋白(1GB1),核糖体蛋白(1GYZ),钙结合蛋白(4ICB)的计算结果表明,平均预测精度为3.56A,达到预期目的。