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小麦是世界上的主要粮食作物，在我国是仅次于水稻的第二大粮食作物。由于长期定向遗传改良，普通小麦品种(系)之间遗传差异较小，遗传基础狭窄。斯卑尔脱小麦、密穗小麦和中国特有小麦(新疆稻麦、西藏半野生小麦和云南铁壳麦)与普通小麦杂交结实基本正常，是可用于小麦遗传改良的重要初级基因库。本论文采用Genomic-SSR、EST-SSR和叶绿体SSR分子标记，系统分析了上述六倍体小麦群体内(间)的遗传差异，并对其高分子量谷蛋白亚基组成进行了比较，以期为更好地开发和利用这些资源提供理论依据。 1) 研究发现，EST-SSR揭示出的多态性明显低于Genomic-SSR，但比Genomic-SSR标记更能准确地反映出不同小麦基因型之间的亲缘关系。因此EST-SSR是评价小麦遗传多样性的一种理想标记形式。研究证实，一个骨干亲本与由其衍生出来的品种(系)之间的遗传差异一般较小。 2) 采用Genomic-SSR和EST-SSR分子标记分析发现，普通小麦、斯卑尔脱小麦和密穗小麦群体间的平均遗传距离高于群体内的平均值，且在A、B和D 3个染色体组上具有相同趋势。普通小麦和斯卑尔脱小麦之间的遗传差异较密穗小麦更大，提示普通小麦和密穗小麦之间存在更近的亲缘关系。 3) 首次对中国特有小麦与其他不同类型六倍体小麦之间的遗传差异进行了系统分析。核基因组微卫星分子标记分析结果表明，云南铁壳麦和西藏半野生小麦与普通小麦之间存在较近的亲缘关系；新疆稻麦比较特殊，是与其他类型小麦明显不同的类群。但所有中国特有小麦与普通小麦在叶绿体基因组上的遗传差异很小。西藏半野生小麦在D染色体组上存在丰富的遗传变异。 4) 高分子量谷蛋白亚基组成分析结果显示，斯卑尔脱小麦具有明显的组成特点。另外，新疆稻麦在Glu-1D位点上具有特殊的HMW-GS类型。 5) 在以上研究的基础上，初步提出了拓宽普通小麦遗传基础的策略和方法，并对六倍体小麦，特别是中国特有小麦的起源进行了分析和讨论。