山樱花(Cerasus serrulata Lindl.)隶属蔷薇科(Rosaceae)樱属(Cerasus),分布广泛,在我国大部分地区及日本、朝鲜半岛都有分布,存在连续、交叉的形态变异,其分类处理尚存在较大争议。同时,山樱花具有优良的观赏价值,蕴含丰富且极具开发价值的优良遗传性状,对樱花新品种的开发具有较大的价值意义,但并未受到重视和利用。本文收集了8个山樱花居群共224份样本,利用17对SSR引物对其进行了遗传多样性和遗传结构的评价,以期为山樱花种质资源的进一步利用及保护提供理论和实践上的参考,并为山樱花不同居群的变异与分化提供分子数据。主要研究结果如下:1、山樱花物种水平上的遗传多样性:17个SSR位点在8个山樱花居群224份个体中共检测到113个等位基因,平均每个位点6.647个等位基因,有效等位基因数(Ne)平均为2.471。观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、Nei’s遗传多样性指数(H)、Shannon信息指数(I)分别为0.249、0.488、0.634、0.939,表明所采用的SSR引物多态性良好,山樱花物种水平具有较高的遗传多样性。分布广泛、异花授粉、鸟和人类活动促进了基因流可能是山樱花物种水平遗传多样性较高的原因。哈迪温伯格平衡检测几乎每个位点都显著偏离平衡,表明山樱花杂合子缺乏,个体间不是随机交配。2、山樱花居群水平上的遗传多样性:多态位点百分率(PPL)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、Nei’s遗传多样性指数(H)、Shannon信息指数(I)分别为92.65%、0.249、0.488、0.498、0.939,表明山樱花居群水平上的遗传多样性较高,但低于物种水平。较弱的竞争力、生境破坏、高山和河海的阻隔阻碍了基因流可能是其居群水平遗传多样性低于物种水平的重要原因。根据Nei’s遗传多样性指数和Shannon信息指数,各个山樱花居群遗传多样性从大到小排列依次为:辽宁凤城(FHS)、浙江临安(TMS)、山东青岛(Lao S)、韩国首尔(K-NS)、安徽黄山(HS)、江苏连云港(YTS)、江西九江(LS)和福建武夷山(HGS)。3、山樱花居群间的遗传分化:8个山樱花居群间基因流(Nm=0.8548)较低。分子遗传方差分析(AMOVA)(FST=0.221)表明山樱花22%的遗传变异来自居群间,山樱花居群间产生高度分化。基因流缺乏及环境特异化可能是其原因。4、相关性检验(mantel test)表明山樱花居群间遗传距离与地理距离间不存在显著相关性(r=-0.13062,p=0.2632)。5、UPGMA分析将8个山樱花居群分为3组:首尔、凤城、青岛、连云港和黄山聚为一组;九江和临安聚为一组;武夷山单独为一组,在地理上总体呈现出由北向南分布的3个区域,但黄山居群较为特殊。6、STRUCTURE分析认为8个山樱花居群的遗传物质来自3个基因库:凤城居群、青岛居群的一半、黄山居群的一半和武夷山居群主要来自一个基因库;青岛居群的另一半、黄山居群的另一半、首尔居群和连云港居群主要来自一个基因库;九江居群和临安居群组来自另一个基因库。当K=4时,STRUCTURE将首尔居群单独分离出来成一组,其它不变。主坐标分析(PCo A)与STRUCTURE分析K=4时的结果一致。STRUCTURE和PCo A解释了UPGMA树中黄山居群的特殊性。7、以毛叶山樱花(Cerasus serrulata var.pubescens)为主的连云港居群在各项检测中均没有表现出特异性,表明毛叶山樱花与原变种山樱花(Cerasus serrulata var.serrulata)间的差异不大,毛被这一变异性状在山樱花中是广泛存在的。建议建立山樱花种质资源库,在保护的同时进行樱花新品种的培育。