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红毛菜具有较高的营养价值和药用价值,.是新兴的重要栽培红藻,然而目前对我国红毛菜属植物的种类、分布,淡水红毛菜与海水红毛菜的亲缘关系等研究不足。本文通过克隆测序核糖体RNA基因全长序列,对我国沿海地区及内陆地区采集到的红毛菜植物的种属关系及亲缘关系进行研究。核糖体RNA基因由编码区和非编码区构成,编码区序列包括18S rDNA、5.8S rDNA和28S rDNA,非编码区包括ITS1、ITS2和IGS区域,编码区序列比较保守,而非编码区序列进化速率则较快,不同的进化速率让核糖体RNA基因适用于不同分类水平。通过基因克隆和测序技术,对福建莆田的海水红毛菜进行核糖体RNA基因全长测序研究。结果显示,莆田的海水红毛菜18S rDNA的全长序列为2942bp,5.8S rDNA的序列长度为158bp,28S rDNA全长序列为3751bp, ITS1序列长度为699bp, ITS2序列长度为397bp, IGS序列长度为4613bp,因此,莆田的海水红毛菜核糖体RNA基因序列全长为12530bp。本文对采自山东威海(WH)、江苏连云港(LYG)和南通(NT)、福建莆田(PT)和南日岛1-2 (NRD1-2)和深圳南澳1-3(NA1-3)的9个海水红毛菜以及甘肃兰州兴隆山(XLS)、山西阳泉娘子关(NZG)的2个淡水红毛菜进行系统发育研究。克隆并且分析其18S rDNA、5.8S rDNA及ITS区域序列、28S rDNA部分序列和IGS部分序列,结果显示：11个地理群的红毛菜分成三个进化分支,2个淡水红毛菜与世界其他地方的淡水红毛菜分为一支,独立于海水红毛菜；而9个海水红毛菜中分为两个分支,威海(WH)的海水红毛菜分为一个独立分支,其他8个海水红毛菜分为一个分支。根据国际上最新修订的红毛菜科15个属的分类,本文中的2个淡水红毛菜聚类在Bangia中,威海的海水红毛菜聚类在"Bangia" 1中,其他8个海水红毛菜聚类在"Bangia"2中。对不同地理群红毛菜核糖体RNA基因的不同区域序列进行分析,结果显示：不同物种间18S rDNA的序列相似性为89.0%-93.2%,5.8S rDNA的序列相似性为86.7%-90.5%,28S rDNA的部分序列相似性为80.1%-86.2%,而红毛菜种内相似性极高,几乎没有差异,因此,各编码区序列适合于红毛菜种间及种以上水平的分类鉴定。虽然不同物种间ITS区序列相似性极低,但在种内相似性却极高,故而不适合用于红毛菜种下水平的遗传分析,可结合5.8S rDNA序列用于种间及其以上水平的分类研究。聚类在同一进化分支上的8个海水红毛菜的部分IGS序列几乎没有差别,因此推测这8个海水红毛菜可能为同一个种。