改革开放三十年来,中国经济得到了快速的发展,贫富差距逐步拉开,社会形态也发生了巨大的变化,这些变化影响了中国人民生活的各个方面,其中中国的医疗保障体系就经历了几度变革。从中华人民共和国成立开始的“合作医疗,赤脚医生,县、乡、村三级医疗保障网”的农村医疗和职工福利下的城镇免费医疗到现在的新型农村合作医疗和多样化的城镇医疗,在这个过程中公平性问题频繁被提出。本文以低收入农民为研究对象,研究新型农村合作医疗政策执行中是否存在不公平现象,以及不公平的原因及其对策。本文主要分为五大部分：第一部分包括本文的研究目的和意义,以及本文的基本框架结构,并对目前我国新农合的研究情况作了综合的描述,最后说明了本文的创新之处。第二部分厘清了相关概念的定义,并对所用的相关理论作出了分析,主要应用的理论有罗尔斯的正义理论、新福利经济学中的帕累托最优以及系统模型理论,然后结合理论提出了衡量新农合是否公平的标准。第三部分对新型农村合作医疗的情况进行了介绍,并从实证的角度出发,对选取的调查地区荆州市进行了问卷结果分析和访谈内容分析,发现新型农村医疗合作制度在实际执行过程中存在着不公平的现象。第四部分对造成新农合制度实践中不公平的原因进行了分析,根据系统模型理论从制度所处的系统环境和制度本身两方面出发找原因。原因主要有经济环境与医疗环境的限制、自愿参与原则造成农民参合率不高、地方政府配套资金滞后,补偿基金仍存在较大缺口、医药不分家造成药品价格难以控制、医疗补助力度不够。第五部分针对原因提出了相应的优化对策,首先是对系统环境的优化,然后是对制度本身的优化。