自2008年全球金融危机爆发以来,全球经济与贸易受到重大打击,这给以集装箱和港口货物装卸为主营业务的港口公司致命一击,如何节约成本、提高企业效率以此度过危机就更具紧迫性和实践性。针对此背景笔者提出对我国港口企业公司效率及其影响因素的研究,以便找到影响企业效率的最主要因素,为提高企业效率提供意见,不仅让港口企业度过经济危机,也期望通过港城一体化带动整个经济的发展。本文重点分析港口业上市公司效率大小以及效率的影响因素。通过投入产出的DEA理论与实证分析,得出2003年至2009年13家港口业上市公司的总技术效率、纯技术效率和规模效率；接着利用总技术效率和效率的影响因素建立基于13家港口业上市公司2003年至2009年的面板数据建立面板数据多元回归模型,回归分析得出各影响因素对企业效率影响的程度,以便为提高企业效率提供经验数据和建议。文中重点分析了国有股比例、第一大股东持股比例、资本结构、资产市场份额、人员结构、营业费用率和独立董事比例等对企业效率的影响。文章最后得出结论。针对公司国有股比例、第一大股东持股比例、资本结构等对企业效率的影响程度,本文提出应逐步降低国有股权比例,改善公司资本结构,提高专科以上学历人员比例和完善独立董事制度等建议。