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猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)是由猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)引起的一种高度接触性传染病。该病主要引起母猪发热、厌食和流产、死胎、木乃伊胎、弱仔等繁殖障碍以及仔猪的呼吸道症状,并且呈较高的死亡率。该病已成为威胁养猪业的主要疫病之一,给养猪业造成巨大的经济损失。高致病性PRRS(HP-PRRS)则是由PRRS病毒变异株(HP-PRRSV)引起的,其特征为发病率高,死亡率高及传播迅速。本研究应用可以鉴别HP-PRRSV与经典PRRSV株的特异性RT-PCR检测方法,对来自全国10个省份的377份临床样品进行分子流行病学监测,选取其中22份样品进行NSP2部分基因和GP5全基因的测序分析。结果表明被检样品的阳性率达到49.1%,所有阳性样品均为高致病性PRRSV株。对22份阳性样品的序列分析结果表明所有毒株均为HP-PRRSV变异毒株,即NSP2蛋白在482aa和533 aa～561aa两处均出现不连续的缺失。对GP5蛋白推导氨基酸序列分析结果显示N-糖基化数量与HP-PRRSV变异株一致,主要中和表位存在氨基酸变异(L/F39→I39),在13位和151位与毒力相关的位点保持了强毒株的氨基酸特性(R13、R151)。绘制系统发生进化树结果显示国内分离株主要分为3个亚群,其中这些HP-PRRSV毒株均位于亚群I;变异株所处的亚群I与经典分离株、疫苗株所处亚群II、亚群III的同源性相对较低。本研究同时选取3株HP-PRRSV变异株进行全基因组测序,结果显示均为HP-PRRSV变异株,由系统进化分析表明尽管这3株HP-PRRSV属于亚群I,但在核酸水平也表现出一定的差异。