宋恕学术思想的两大支柱是儒学与佛学，他以为儒学的基本精神是“仁恕”，主张“抑强扶弱”；于佛学，宋恕反对宗教性的普爱，主张“立界”。“爱”是理解宋恕儒学思想的关键。 宋恕广泛接触下层民众，洞悉民间的苦难。君主专制是直接的原因，但其思想根源，宋恕认为是君主专制的理论基础，即“阳儒阴法”之学，这是汉代以来形成的思想传统，有清一代具体为程朱理学。不唯如此，学术脱离现实，是民生困苦的又一重要原因。 由此，宋恕展开了对汉学、宋学的批判，他是沿着以上两个方面展开的，即思与权的共谋，学术的功用。宋恕直返儒学源头——先秦儒学，他认为先秦儒学精神是“仁民爱物”。据此他于汉后诸儒中“独友六七人”，吸取王充的批判精神， 以“救民”为中心，对陆、王、黄、颜等人推崇备至，从而形成“黄体颜用”的儒学思想。在重返六经的过程中，宋恕解读经典的方法可称之为“同情的了解”，与现代诠释学的方法有相通之处。宋恕儒学的思想基调仍是传统的“中体西用”。 较之康有为、章太炎，宋恕对儒学始终持肯定的态度，其儒学思想散发着浓郁的人道主义气息，这是与他对儒学的坚定信念和关注民间的视角是一致的。