当今,经济的发展日益越发地表现为科学技术的竞争,创新已成为知识经济的时代特征。自主创新是经济发展的最主要因素,对一国的经济发展起着举足轻重的作用,因此如何有效促进区域自主创新、提高区域创新能力,已成为各国战略发展的需要。近年来,重庆市在自主创新体系建设方面取得了较大成效,但是重庆市的科技优势并没有得到充分的发挥,仍存在知识创造能力相对薄弱、企业技术创新能力不足、区域创新绩效不强以及技术创新环境尚待改善等问题。本文通过建立评价指标体系,利用数据包络分析方法对重庆、北京等九个城市企业的投入和产出能力进行研究,将重庆与其周边地区以及科技发达地区进行对比,衡量科技创新效率;同时将重庆的产业进行划分归类,进行主要产业之间科技创新效率的比较,用实证结果进一步阐述重庆市自主创新的现状。接着本文利用可变模型对重庆市科技化乘数以及产业化乘数进行实证研究,从深层次上进一步研究了重庆市区域自主创新的水平,结果表明重庆地区的科技形成以及成果转化程度不高。文章进一步研究了基于企业成果转化的政府补贴激励机制,为政府在促进重庆科技成果化时提供决策参考,最后本文给出了提升重庆市自主创新能力的政策建议。