我国是一个农业大国，农业在国民经济发展中起到了基础性的作用。改革开放以来，我国合作社的发展经历了一个从萌芽、起步逐步走向规范化的历史阶段。截止到2011年，我国各种类型的农民专业合作社数量已经超过了48万家，实现入社农户3870万户，约占全国农户总数的15.5%。但是也应看到，大多数农民专业合作社的规模较小，虽然改变了小农分散进入市场的局面，合作社在与市场的谈判中仍处于弱势地位。合作社的联合在基层合作社的自愿推动下迅速产生。虽然合作社联合的实践已经在部分省市开展开来，但目前学者们对于合作社是否走向联合仍存在一定的争议，对合作社联合的形式，怎么联合，联合的影响因素以及联合后如何治理等问题的研究也只有少量的零散的讨论，并没有形成一个系统的理论。基层的联合实践发展到一定程度迫切需要理论来进行指导。本文采用文献研究法，模型分析法以及规范分析和实证分析相结合的方法，对合作社、联合社的相关理论进行了综述；运用农业经济学、制度经济学等学科的基本理论和方法，对合作社联合的原因，目的和意义进行了阐述，探讨了合作社联合的途径，联合社的组建形式及功能等问题；运用博弈论的方法对合作社的联合做出了经济学分析；最后以国内现有两个联合社作为代表进行案例剖析，分析我国当前联合社发展存在的问题，并提出对策建议。研究结果表明，农民专业合作社之间的联合可以避免合作社之间的恶性竞争、实现更大范围的规模经济、降低交易成本和费用、促进纵向一体化经营、提高市场话语权、提升品牌效益，同时能增强抗风险能力，维持合作社的稳定发展。合作社的联合有自上而下和自下而上两种途径，而具体哪种更为适合并不能一概而论。农民专业合作社联合社的组建形式有三种：第一种是同行业间组建的同业型农民专业合作社联合社；第二种是同地区不同行业间组建的同域型农民专业合作社联合社；第三种是同地区不同行业间因为开展某项服务活动而组建的同项型农民专业合作社联合社。合作社联合社具有管理、服务和作为出资代表人三种功能。通过建立博弈模型对农民专业合作社联合的过程进行动态分析，可以得知，在一定假设条件下，合作社是否加入联合社与联合社的规模效益函数、组织成本函数以及外部性函数有关。本文还通过黑龙江讷河农民专业合作社联合社和山西犇牛奶牛养殖联合社两个案例进行了实证分析。基于上述研究，本文提出当前我国发展农民专业合作社联合社的建议：通过采取健全法律法规、规范基层合作社等措施来为联合社的发展奠定坚实的基础；处理好联合社发展与政府间的关系；加大合作社经营管理人才的培养；加大合作文化的宣传来为合作社的联合创造良好的外部环境，促进农民专业合作社联合社的良性发展。