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辣椒（Capsicum annuum L）是一种在世界范围内广泛种植的大田蔬菜,容易受青枯病等土传病害的危害而减产,培育和推广应用抗病品种是解决辣椒病害问题的最有效对策,而剖析辣椒抗病的分子机制有利于辣椒抗病遗传改良。对模式植物拟南芥和水稻的研究发现植物应答病害的防御反应在很大程度上受到转录水平的调节,包括bHLH在内的各类转录因子在其中起重要作用,但人们对于大多数转录因子家族成员在植物防御反应中作用的认识还仅限于部分成员。目前,关于bHLH转录因子在辣椒等茄科植物中的作用鲜少报道。本研究对辣椒全基因组中的bHLH转录因子进行鉴定、系统进化和表达模式分析,并对其中的CabHLH94在辣椒应答青枯菌侵染的防御反应中的作用进行了分析。主要结果如下:（1）在辣椒蛋白数据库中共鉴定到132个编码bHLH转录因子的基因,并对其染色体定位、系统进化、保守基序、基因结构和表达模式进行分析。结果表明:辣椒bHLH基因以不均匀的方式定位在12条染色体上,并有13个基因发生串联复制。系统进化将其分为23个亚族。同一亚族内含有相同的保守基序和基因结构。bHLH基因应答外源脱落酸（ABA）和水杨酸（SA）转录表达的聚类热图分析表明,ABA和SA处理后部分基因表达升高,随机挑选8个表达较高的基因进一步通过实时荧光定量PCR验证。结果显示:在外源ABA和SA处理后,8个基因呈现出表达上调或下调趋势,表明这8个基因可能与ABA和SA介导的信号通路有关。（2）在上述8个基因中,CabHLH94在ABA和SA处理后有较高表达的,暗示该基因受到ABA和SA介导的信号通路的协同调节,可能在辣椒抗病及应答非生物逆境胁迫中起重要调节作用。为了验证这一假设,本研究从辣椒cDNA文库中克隆出CabHLH94基因cDNA的长度为744bp的开放阅读框,编码含有248个氨基酸残基的蛋白质。亚细胞定位发现CabHLH94分布在细胞核上。CabHLH94的启动子序列含有TCA-element、ERE、ABRE、CGTCA-motif、Box和G-box等元件,说明该基因可能与辣椒应答这些逆境相关。通过实时荧光定量PCR检测发现CabHLH94在接种青枯菌1 h后转录表达开始显著上调,6 h后达到最大值,此外还可被外源激素SA、ABA、MeJA、ETH和BR处理诱导上调。（3）通过农杆菌诱导的瞬时超表达实验分析CabHLH94在辣椒免疫应答中的作用。结果表明:瞬时超表达CabHLH94能激活辣椒叶片产生过敏性细胞坏死和H2O2的积累,与对照组相比表现为较深的Trypan blue和DAB染色,并能诱导CaPR1、CaACO、CaABR1、和CaDEF1抗性相关的标记基因的表达上调。（4）在辣椒植株中通过病毒诱导的基因沉默（Virus induced gene silencing）使CabHLH94沉默,分析其对辣椒接种青枯菌的影响。结果表明:CabHLH94的沉默辣椒植株在青枯菌接种后的抗病能力与对照相比显著降低,相应的,CaPR1、CaACO、CaABR1、和CaDEF1抗性相关的标记基因的表达显著下调。综上所述:通过对辣椒bHLH基因家族的鉴定、系统进化、表达模式分析方面的生物信息学进行分析,为bHLH基因家族的进化和候选基因的筛选与功能分析提供了参考。对辣椒CabHLH94基因功能的初步探究发现,该基因在辣椒应答青枯菌侵染过程中具有一定的作用,且在这个过程中起正调节作用。