文昌鱼是现存的最接近脊椎动物的无脊椎动物,是研究动物进化和胚胎发育的“活化石”。目前,世界各国科学家针对文昌鱼基因进行了大量的研究,2008年美国佛罗里达文昌鱼基因组测序的完成,为文昌鱼的研究奠定了坚实的基础。文昌鱼在分子生物学方面的研究不断增多,为研究脊椎动物的起源和进化提供越来越多的证据。但是美国佛罗里达文昌鱼数据库中仍有相当一部分基因的功能是未知的。针对上述问题,我们对美国佛罗里达文昌鱼数据库的11930条“假定蛋白”进行结构和功能注释,并且构建了文昌鱼蛋白注释数据库AmphioxusAnnoBase。AmphioxusAnnoBase数据库具有以下特点：（1）通过本地化的TASSER系列算法对文昌鱼的“假定蛋白”进行了结构预测,预测得到4176个三级结构。（2）基于FINDSITE算法,依据预测的三级结构对“假定蛋白”进行了功能预测,共得到2797个有GO注释的“假定蛋白”；预测出3439个“假定蛋白"的配体及其相应的绑定位点,并且基于EFICAz2算法从蛋白序列出发,对全部的假定蛋白进行酶功能预测,推测出206个“假定蛋白”可能是酶,其中的28个结果可靠性较高。（3）通过与Yeast等模式生物做序列比对,对文昌鱼全蛋白组进行了蛋白复合体预测。（4）选用Cytoscape Web和GBrowse网络工具分别对文昌鱼的蛋白复合体和基因进行可视化展示,具有良好的用户界面。（5）运用PHP、MySQL、Apache等技术构建了Linux平台的文昌鱼蛋白注释数据库。该数据库收录了来自于NCBI的青岛文昌鱼、厦门文昌鱼、日本文昌鱼和来自于Ensemble数据库的美国佛罗里达文昌鱼的蛋白数据共计52077条,contigs共计3032条。总之,AmphioxusAnnoBase数据库提供较为详尽的蛋白功能注释信息,具有较高的可靠性,便于科研工作者查阅,同时对于指导文昌鱼实验,具有较高的参考价值和实用性,为后续文昌鱼功能基因的研究提供重要的理论意义和实践价值。AmphioxusAnnoBase数据库网址为：http://211.69.128.145/amphioxus/index.php。