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江豚(Neophocaena phocaenoides)隶属于鲸目,齿鲸亚目,鼠海豚科,是一种小型齿鲸,分布于亚洲热带和亚热带太平洋沿岸海域,西起波斯湾,东至日本仙台湾,呈狭长的带状分布。在中国的长江中下游、鸭绿江下游和珠江下游亦有分布。中国水域的江豚分为三个种群,即南海种群,黄海种群和长江种群。基于对研究现状的分析,我们发现目前关于江豚种群和保护遗传学方面的研究主要集中在南部黄海种群,长江种群和南海种群,尤其是长江种群,有关渤海和北部黄海海域江豚的种群和保护遗传学信息还没有详细的报道。而江豚作为黄渤海常见的鲸豚之一,属于近岸栖息类型,误捕、海水污染等人类活动严重威胁了它们的生存发展。目前通过对线粒体DNA的分析研究表明,渤海和北部黄海海域的江豚与南部黄海海域的江豚已经存在一定的种群分歧。因此,通过以往的研究不能获得其准确全面的保护遗传学信息。鉴于主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex,MHC)分析在种群和保护遗传学中的优越性,本文以渤海和北部黄海海域170头江豚为研究对象,分析了其DQB座位第二外元(DQB exon 2)的基因多态性,其中包括部分假定的肽结合区(peptide-binding region,PBR)。目的片段经聚合酶链式反应(PCR)扩增,扩增后进行SSCP(single-strandedconformation polymorphism)分型分析。结果发现DQB exon 2片段不适合SSCP分型,选取其中的52头进行全部克隆测序。通过对400多个克隆进行测序并与GenBank中序列比对,得到一段172bp的片段,该片段与其他鲸类DQB exon 2序列有很高的相似性。在这些序列中发现了22个变异位点,定义了23个等位基因,其中11个与以往研究中的中日水域江豚DQB等位基因相同,12个为新发现等位基因。除一条序列存在一个位点的缺失外,所有序列均未发现起始、终止密码子,系开放阅读框,推测其在体内具有生物学功能。其中,37个个体含有3或3个以上等位基因,提示这些序列不是来自单一的基因座位,即存在基因座位的重复现象。不等交换是基因重复现象的主要产生途径之一,碱基的插入和缺失即可能为这种机制导致的后果。DQB序列21个碱基的变换(缺失序列除外)均发生在氨基酸编码区,造成了15个位点18个氨基酸的变异,氨基酸多态性为26.3%(15/57),表现了较丰富的序列多态性。对核苷酸替代的类型及位点进行分析,发现非同义替换率(d_N=0.022)明显高于同义替换率(d_S=0.002),由此造成的氨基酸替换集中出现在肽结合区附近。这表明江豚的DQB基因受到强烈的正选择作用的影响,病原体抵抗带来的平衡选择是MHC基因多样性的重要维持机制。构建的江豚与其他鲸类物种DQB位点系统发育树提示,鲸类MHC基因表现出跨物种进化现象,这也很好地验证了江豚DQB基因的多态性是由病原体介导的平衡选择来维持的。通过对江豚DQB座位的基因多态性分析,本研究为江豚保护策略的制定和保护计划的实施提供了基础的科学依据。