凹耳蛙（Odorrana tormota）是我国特有的珍稀濒危两栖类动物，现存种群分布范围非常狭窄，早期报道该物种仅限于安徽黄山和浙江建德等地的部分山溪。本实验在前期野外调查中发现，该物种在皖南的泾县、旌德、歙县、绩溪和宁国等地也有零星分布。本研究利用线粒体DNA cyt b基因全序列作为分子遗传标记，对皖南地区五个斑块种群的线粒体遗传多样性、遗传结构和种群历史动态进行初步研究。获得以下几个方面的结果：1.凹耳蛙香溪种群（n=31），浮溪种群（n=27），程坑种群(n=21)，漳河种群(n=18)和桃岭种群（n=29）共126个样本的线粒体DNACyt b基因序列进行了检测。在长1146bp的Cyt b基因序列中，共检测出39个变异位点，定义了29个单倍型。单倍型间的碱基差异范围为0.0873%-0.785%，基于Kimura双参数模型的单倍型间遗传距离变异范围为0.1%-0.8%。Cyt b基因单倍型多样性为0.855，核苷酸多样性为0.00211。本研究Cyt b分子标记得出的凹耳蛙线粒体遗传多样性要低于黑斑蛙和金线蛙等分布广泛的种群。2.分子变异分析结果表明，凹耳蛙线粒体遗传变异主要存在于种群内（94.87%），种群间的差异较少（5.13%）。种群间的遗传分化系数Fst=0.051（P<0.001），表明凹耳蛙种群间已经产生了显著的遗传结构。种群间两两比较分析结果显示，黄山的香溪与浮溪之间、浮溪与桃岭之间以及旌德的程坑与绩溪的漳河之间均未发生遗传分化。但香溪与桃岭之间，程坑和漳河与其它所有种群间均已发生显著的遗传分化。种群遗传结构与皖南水系三大水系（青弋江、新安江和水阳江）间无明显的相关性；Mantel test结果（r=0.390，P=0.126）显示凹耳蛙种群间的遗传分化与地理距离之间也无显著的相关性。3.凹耳蛙Cyt b基因序列中性检验结果显示，Tajima’s D和Fu’s Fs均为负值，且均达到显著的统计学水平，表明该物种种群积累了较多的低频突变，种群历史上可能发生过区域扩增。歧点分布分析结果同样支持上述推论，对cyt b基因来说，凹耳蛙种群整体上歧点分布曲线呈钟形，符合种群增长模型的期望分布曲线。以黑斑蛙cyt b基因的进化速率2%-4.4%每百万年为参照，推测皖南地区凹耳蛙种群扩张大约发生在8394-18466年前。由Bayesianskyline plot方法得出的结果则可以看出，凹耳蛙最初的种群扩张发生在距今15500年前开始，此后的大部分时间种群处于稳定状态，直至距今6000年前，种群开始发生衰退，尤其近2500年前至今，凹耳蛙种群急剧下降。