在当今的商事活动中,股东资格争议引发的公司纠纷比比皆是。而股东权的清晰确定对公司的营运发展而言是至关重要的。各国的公司立法也在为健全保护股权、确定股东资格的立法体系而不断努力着。股东资格确认是保护“股权”的前置条件,只有将股东的资格进行准确的认定后,才谈得上对股东权利进行保障。在我国,股东资格确认是也是理论界和实务界关注的焦点问题。究其原因,一是公司相关立法还不完善,还没有设计出一套确认股东资格的完整体系,没有明确规定具体确认依据的效力与层次。虽然新《公司法》补充了相关内容,但仍显不足,可操作性也有待确认。二是我国学界对其的理论研究还不透彻,缺乏体系性,有失全面,多停留在制度层面,而对其背后的理念价值缺乏研究。三是在公司的设立和运作中有许多不规范的操作。比如说,虽然在工商登记中,该被登记人已经被记载为股东,但实际情况却是该被登记人根本没有对其已认购的股份进行出资。这些不按照法律规定严格规范自身行为的做法使瑕疵出资股东层出不穷,股东资格纠纷也不断出现。对股东资格进行确认的重要性和必要性显而易见。本文对瑕疵出资股东资格相关的各种学理问题和法律规定问题进行了详细的论述,以期能够对早日解决瑕疵出资股东资格的认定问题有所裨益。文章除引言和结论外,共分为四大部分：第一部分,对股东资格和瑕疵出资的的基本问题进行论述。将股东资格的取得方式划分为原始取得和继受取得,并分析资格取得与资格确认之间的关系。阐述确认股东资格的意义,对确认股东资格的四项基本原则进行论述。对瑕疵出资的基本问题进行论述时,首先确定瑕疵出资的基本内涵,将瑕疵出资定义为是指出资义务人违反法律或公司章程对出资的规定或者违反出资协议的约定的行为。并对瑕疵出资按照程度和违反出资义务的方式进行划分。第二部分,对瑕疵出资的理论和法律规定进行论述。对理论界关于瑕疵出资认定的学说,也即瑕疵出资股东资格否定说、瑕疵出资股东资格肯定说、瑕疵出资股东有限资格说的主要观点进行论述,并结合笔者自己的观点对这些理论进行评述。法律规定方面,考察立法方面关于瑕疵股东资格的规定,分别从域外相关法律对瑕疵股东资格的法律规定和我国对瑕疵股东资格的法律规定两个方面进行论述。第三部分,对瑕疵出资股东的资格确认进行类型化分析,分别从严重瑕疵出资的股东资格确认和一般瑕疵出资的股东资格确认两个方面进行论述。第四部分,论述瑕疵出资股东的资格确认与第三人利益保护之间的关系。分别从确认依据的选择和第三人利益的保护方法两个方面展开。