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利用Hoffman等设计的流感病毒通用引物,对在2004年10月到2007年2月期间,从江苏省的洪泽湖、高邮湖、盐城等湿地野鸭分离的禽流感病毒的HA、NA基因进行扩增,将扩增产物克隆到pMD18-T载体并测序,测序结果与GenBank已经公布的HA、NA序列进行同源性比对来确定毒株的亚型。15株HA亚型鉴定结果表明：1株为H4亚型,2株为H5亚型,12株为H11亚型；9株NA亚型鉴定结果表明：7株为N2亚型,2株为N9亚型,并且至少存在3种HA和2种NA亚型组成的H5N2、H11N2、H11N9、H4N24种亚型的禽流感病毒,表明近年来江苏省越冬野鸭禽流感病毒的流行情况较为复杂,呈现多种亚型共存的局面,其中H11和N2是优势流行亚型。对亚型分布的分析表明：不同年份、不同地区、不同野鸭种类,禽流感病毒分离毒株的亚型分布都有差异。从时间上来说,2005年分离的毒株亚型分布最广,包含有H5、H11、N2、N9以及组合亚型H5N2、H11N2和H11N9；从地域来说,盱眙水域禽流感病毒流行情况最为复杂,能分离到H5、H11、H4、N2亚型以及H5N2、H1 1N2和H4N2组合亚型禽流感病毒；从野鸭种类来看,斑嘴鸭和普通秋沙鸭的禽流感流行情况最为复杂,能分离到不同亚型的禽流感病毒。另外,H11亚型禽流感病毒在江苏省不同地区、不同种类的越冬野鸭中长期存在,可能已经形成比较稳定的流行趋势。利用Hoffman等设计的流感病毒通用引物,扩增禽流感病毒分离株A/Spotbill duck/Xuyi/6/05 (H11N2)和A/Baikai Teal/Hongze/14/05 (H11N9)的HA, NA、NP、M、NS 5个节段的基因,根据GenBank中已知的序列,设计合成6对特异性引物分2段扩增两株病毒的PA、PB1、PB2基因。将扩增产物克隆到pMD18-T载体并测序,用DNAStar软件进行序列同源性分析,PHYlip软件绘制进化树,分析此病毒的分子生物学特征。结果表明,8个基因即HA、NA、NP、M、NS、PA、PB1和PB2均包含相应的病毒基因完整开放阅读框架,基因片段的长度分别为1726bp、1421bp、1565bp、1027bp、890bp、2233bp、2307bp和2341bp,并分别编码565、470、499、352、230、717、758和760个氨基酸。2株病毒的HA氨基酸在225～226(237～238)处,均是一般禽源病毒的特征G-Q,具有与禽类细胞受体结合特异性。其裂解位点序列为PAIT(A)SR,符合低致病力毒株特征,都没有连续的碱性氨基酸的插入。本研究的两株病毒NA蛋白茎部及NS1蛋白没有缺失,PB2蛋白的627位为谷氨酸,NS1蛋白92位都为天冬氨酸。根据分子特征及其对鸡胚致病力的观察可以断定这两株病毒均为低致病力的A型流感病毒。HA、NA基因的同源性与进化树分析表明两株病毒属于欧亚大陆的禽分支,来源于不同的祖先,其中btdkHZ-14-05与日本北海道dkHok-04的亲缘关系很近,因此推断可能是由其演化而来。内部基因与不同地区、不同来源、不同致病力的流感病毒分离株都有较近的亲缘关系,内部蛋白M与日本北海道、蒙古利亚、韩国、中国大陆及香港分离的不同毒株A/duck/Hokkaido/83/2004(H1N1)、A/duck/Mongolia/54/2001 (H5N2)、A/aquatic bird/Korea/w74/2005(H5N2)、A/duck/Yangzhou/02/2005(H8N4)、A/migratory duck/Hong Kong/MP206/2004(H5N2)的同源性都在99%以上,说明江苏省越冬野鸭在迁徙的过程中能跨地区传播流感病毒。因此推断江苏省越冬野鸭在禽流感病毒的传播和进化过程中具有十分重要的地位,当低致病性的禽流感病毒发生基因重组,从野禽传播到家禽,可能会导致高致病性禽流感的暴发。