海参在分类上属于棘皮动物门中现存的六个纲之一的海参纲。海参纲根据海参的形态特征如:触手的形状、管足和呼吸树的有无分为6个目。而在科的水平上,其分类的主要依据是埋没于外皮之下的微小的石灰质骨片,其中海参咽部的钙质骨板(石灰环)的形态在海参分类上很重要。在种的水平上,其形态上的差别较小,对海参进行种的水平上的区分没有非常精确有效的方法。对于已被加工过的海参产品则更缺乏科学的鉴定方法,需要寻找一种简便准确的方法对加工后的海参进行鉴定。采用聚合酶链式反应(PCR)对日本刺参、大连参、日本关西参、北海道刺参、俄罗斯红参、乌枣参、红海参、白肛海地瓜、红腹海参、小梅花参、黑海参的线粒体COⅠ序列进行了扩增,电泳检测在690bp左右得到了清晰的扩增条带,PCR产物纯化后与T载体连接,进行克隆、测序,分别得到了691-692bp之间的碱基序列,这7个种类海参的COI片段的碱基组成差别都不大,GC含量分布在40.0%-44.6%之间。用MEGA软件检测到,以日本刺参为参照数据,白肛海地瓜、黑海参、红腹海参、红海参、乌枣参、小梅花参变异位点比较多,其中小梅花参变异位点最多,有124个变异位点。而日本刺参、北海道刺参、大连参、俄罗斯红参和关西参变异位点很少,在692bp中只有18个变异位点;白肛海地瓜、黑海参、红腹海参、小梅花参与其他海参的遗传距离都较大,分别约为0.196-0.212、0.197-0.225、0.196-0.243、0.179-0.213,红海参约0.095-0.229,其他海参间仅为0.003-0.012之间;通过计算不同个体间的遗传距离构建NJ树和ME树,在NJ树和ME树中,都可以看到两个分支:俄罗斯红参、日本刺参、关西参、北海道刺参、大连参、乌枣参和红海参、白肛海地瓜为一支,其他的海参为一支。采用聚合酶链式反应(PCR)对日本刺参、大连参、日本关西参、菲律宾刺参、俄罗斯红参、乌枣参、红海参、白肛海地瓜、蛇海参、北极参、靴参的线粒体16Sr RNA序列进行了扩增,电泳检测在330bp左右得到了清晰的扩增条带,PCR产物纯化后与T载体连接,进行克隆、测序,7个种类海参的16Sr RNA片段的碱基组成差别不大,长度分布在330-334bp,只有北极参和蛇海参分别是320bp和310bp。GC含量分布在39.4%-48.1%之间,白肛海地瓜、蛇海参、北极参、菲律宾参变异位点比较多,而日本刺参、大连参、俄罗斯红参和关西参、乌枣参和靴参变异位点很少,且变异位点基本一致,关西参的变异位点相对较多,其中俄罗斯红参只有一个变异位点,大连参有四个变异位点;白肛海地瓜、北极参、蛇海参、菲律宾参与其他海参的遗传距离都较大,分别约为0.150-0.291、0.140-0.282、0.140-0.277、0.194-0.291,大连参,日本刺参,关西参和俄罗斯红参遗传距离很小;在NJ树和ME树中,都可以看到两个分支:俄罗斯红参、日本刺参、关西参、大连参、乌枣参、靴参和红海参、白肛海地瓜为一支,其他的海参为一支。通过对COⅠ和16Sr RNA片段的分析,我们发现,COⅠ序列比16Sr RNA具有更好的特异性,因此选择COⅠ序列对海参深加工产品进行鉴定。采用异丙醇与乙酸钠沉淀的改良方法从海参营养液中提取海参的DNA,通过COⅠ引物进行PCR扩增,扩增产物纯化后与T载体进行连接,通过克隆、测序,与已测定的海参序列及Blast进行比对,确认其中所含海参为青岛刺参。干海参及海参产品中COⅠ和16Sr RNA片段的成功扩增,再次表明了两种引物在棘皮类动物中的良好通用性,本实验对海参种类进行准确鉴定,有助于对海参种类鉴定、遗传变异及系统演化的进一步研究,对规范海参市场也有重要意义。