本研究以关中驴、晋南驴、广灵驴、德州驴和华北驴五个中国驴品种为研究对象，利用9个微卫星标记分析了品种内和品种间的遗传多样性。座位AHT5没有扩增，其余8个座位均表现高度多态。8个微卫星座位的等位基因数为4～12个，平均为8.6个，期望杂合度在0.869～0.644之间，平均为0.753，多态信息含量在0.554～0.745之间，平均为0.668。五个驴品种整体上处于Hardy-Weinberg平衡状态，在8个微卫星座位的平均等位基因数在5.8～6.5个之间，平均期望杂合度在0.690～0.755之间。经方差分析，五个驴品种间等位基因数、期望杂合度和多态信息含量无显著差异。五个驴品种两两之间均显著分化，总体上，在总变异中有5.3％属于品种间的变异。经Friedman检验，群体间分化程度的三种估计量θ（Weir和Cockerham，1984）、G_ST（Nei，1973）和ρ_ST（Rousset，1996）之间无显著差异。以遗传距离D_A（Nei，1983）、D_AS（Chakraborty，1993）、D_R（Reynolds，1983）、D_SW（Shriver，1983）、（δ_μ）²（Goldstein，1995）构建NJ、UPGMA一致树，结果表明：由遗传距离D_A、D_AS构建的NJ、UPGMA一致树及由遗传距离D_R、D_SW、（δ_μ）²构建的NJ一致树的拓扑结构完全一样。由D_SW、（δ_μ）²构建的UPGMA一致树相同，由D_R构建的UPGMA一致树和前两类树均不同。D_SW、（δ_μ）²的一致树的自展置信值和D_A、D_AS、D_R一致树的自展置信值相当。五个驴品种间的遗传关系和前人研究有所不同，有待于基于较多微卫星座位和品种历史的进一步研究。以遗传距离D_S和（δ_μ）²，每世代每座位的突变率为10^-4，驴的世代间隔为3.5年，估计了五个驴品种间的分化时间。结果表明：以Ds估计的五个品种的分化时间在公元前1724～公元294年间，和历史的记载较吻合。