随着产业贸易自由化和资本流动自由化的加剧,我国生物医药产业为摆脱价值链“低端锁定”局面,通过提升产业创新能力来增强出口竞争力成了必然选择。从产业创新现状和出口数据中发现,我国生物医药产业的创新和出口之间存在着某种相互影响关系,因此本文在理论和实证两方面研究了生物医药产业创新能力对出口竞争力的影响。基于影响机理源头—作用机理分析—两阶段影响路径—经济学推导分析的角度,本文讨论了产业创新能力通过改变或创造生产要素条件促使要素禀赋差异的形成过程,包括自主创新的核心竞争优势效应、技术改进的资源整合效应、技术引进的价值创造效应和创新投入的综合产出效应四大作用机理,此为影响路径的第一阶段。出口竞争力来源于产业创新引致的要素禀赋差异,静态情境下源于产品种类的比较优势,动态情境下源于产品数量的比较优势,此为影响路径的第二阶段。通过经济理论分析可得,产业创新能力通过影响产品的出口交易成本,从而形成出口竞争优势,当边际收益等于边际成本的时候,出口竞争力得到了最大的提升。本文基于微观企业层、中观产业层和区域层、宏观国家层的视角,构建了生物医药产业创新能力评价指标体系,并对我国六大生物医药产业区域进行了创新能力指标和出口竞争力RCA指数的测度和比较。根据影响机理分析和指标科学测度结果,就此提出了四大研究假设。在内生经济增长理论基准模型基础上,本文构建出了生物医药产业创新-出口竞争力长期均衡模型,包括基准模型和稳健性检验两个面板回归模型。单位根检验结果显示,面板数据各变量均为一阶单整,协整检验结果表明,基准模型和稳健性检验模型各变量之间都存在协整关系。本文采取固定效应模型的似然不相关分析方法“Cross-section SUR”对面板数据进行回归,结果显示:技术创新因素尤其对我国技术研发水平相对落后的中西部地区的出口竞争力影响较大;我国经济发达地区研发基础的“产能过剩”和经济薄弱地区的“供给不足”,造成了研发环境因素对出口竞争力的影响区域差异显著且对各区域具有调节作用;在创新时效性下人力资本因素对出口竞争力的影响作用呈U型,在生物医药产业的初现期对出口竞争力具有负作用,而到了产业增长期对出口竞争力具有正向的促进作用;中西部地区尤其是西部地区政府扶持因素对出口竞争力的促进作用更明显。最后,文章提出了改革医药专利审批制度、优化产业链结构升级、培育多元化人才队伍和扩大政府资金投入等具有针对性的生物医药产业发展政策建议。