我国创新资源主要集聚于城市,城市在区域创新驱动发展中起着举足轻重的作用,城市创新能力与创新效率的提升直接影响着区域和国家的科技和经济竞争力。而我国经济发展存在很大的区域差异,为了在新一轮创新驱动发展过程中缩小区域差异,就必须缩小城市间创新能力和水平的差距。为此,本文基于区域创新体系、创新管理等理论,采用因子分析法、三阶段DEA-Malmquist方法以及收敛分析方法,对我国和江苏主要城市的创新能力和创新效率进行分析和评价。首先,论文界定了科技创新、区域创新体系、创新能力和创新效率等概念,明确了分析目的和相应的分析内容,讨论了分析方法的选择。其次,论文采用因子分析法评价我国副省级城市和江苏省内城市的创新能力,结果显示我国各区域副省级城市之间和江苏省内城市之间的创新能力差别较大,呈现明显的区域分布特征,且各个城市在不同主成分上排名差别很大,影响各个城市创新能力的因素存在很大差别。再次,使用三阶段DEA方法和Malmquist方法,从动态和静态角度两方面对江苏省内城市和副省级城市的创新效率进行分析。结果显示,江苏省内和副省级城市不同区域的创新效率在调整前后均未达到有效,不同城市之间存在明显差异。对比城市创新能力的排名,可看出城市域创新效率与其创新能力不完全一致。从动态角度看,江苏省内城市TFP指数提升了0.1%,技术进步指数为1。副省级城市总体的TFP指数为1,同时技术效率出现了0.2%的退步,技术进步是促进区域生产效率提升的主要因素。同时发现城市创新效率受到环境因素的显著影响。最后,利用σ收敛和β收敛方法分别分析江苏省内城市和副省级城市创新效率的收敛态势。结果显示,江苏省内城市的创新效率差异逐渐缩小,但省内三大区域收敛趋势存在差异,且各区域效率收敛主要受到政府支持和劳动力素质的影响。副省级城市总体的效率波动比江苏省内城市平稳,但其内部各区域之间的创新效率呈现出不同的收敛趋势,且各区域效率收敛的影响因素有较大的差异。