猪繁殖与呼吸综合征（PRRS）是由猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）引起的一种急性、高度接触性传染病,PRRSV于1995年首次在我国报道,1996年郭宝清团队首次从猪流产胎儿中分离到PRRSV,并命名为CH-1a。2006年,我国报道了一种最初被称为“猪高热病”的疾病暴发,影响了十多个省的养殖场,造成巨大的经济损失,之后报道此次疫情是由高致病性蓝耳病（HP-PRRSV）引发。2013年之后,NADC30-like PRRSV在全国流行趋势逐渐增加。PRRSV极易发生变异,加之疫苗免疫尚存争议,因此加强对PRRSV临床流行毒株持续开展调查对于该病的诊断及科学防控具有重要的意义。本研究对2020-2021年PRRSV的临床毒株进行了阶段性调查研究,并对部分毒株进行了测序分析,主要研究结果如下:1.临床病料PRRSV的检测及测序分析本研究在2020-2021年从全国24个省、市和自治区的发病猪场采集样品3536份,从湖北省部分地区屠宰场收集样品1141份,其中包括肺脏、淋巴结、脑、死胎、脾脏和血液样品。基于PRRSV的ORF5和Nsp2基因,对这些临床样品进行RT-PCR的检测,并对部分ORF5基因全长进行测序分析。结果显示,养殖场974份样品PRRSV检测为阳性,屠宰场28份样品PRRSV检测为阳性,检出率分别为32.8%和2.4%。从所有样品中随机选取257份阳性样品对ORF5基因进行测序,并依据该基因进行遗传进化分析,结果显示:Lineage 1（NADC30-like）和Lineage 8.7（JXA1-like/CH-1a-Like）是主要流行毒株,检出率分别为37.74%和29.96%。2.PRRSV的分离鉴定本研究从1002份阳性样品中分离到26株PRRSV,ORF5基因遗传进化分析结果显示:26株分离毒株均属于PRRSV-2,其中18株分离毒株属于Lineage 1（NADC30-like）;4株分离毒株属于Lineage 8.7（JXA1-like/CH-1a-Like）;3株分离毒株属于Lineage 3（QYYZ-like）;1株分离毒株属于Lineage 5.1（VR2332-like）。序列分析结果显示:ORF5的突变位点主要集中在信号肽和线性抗原表位区。Lineage1（NADC30-like）的毒株在Nsp2蛋白上存在131个氨基酸的不连续缺失,与国内外已有报道一致。其中Hu B-2-China-2021在322-432、482-486和504-522位点存在135个氨基酸的缺失（111+5+19）。本研究表明,PRRSV临床毒株的ORF5基因均发生较大突变,提示弱毒疫苗的广泛使用可能是造成PRRSV的流行。3.部分PRRSV分离毒株全基因组测序分析对26个分离毒株中的5个毒株进行全基因组测序,5株毒株分别命名为SN-2-China-2021、GS-9-China-2021、GX-11-China-2021、HE-2-China-2021、XJ-1-China-2021。对测序结果进行分析,结果显示:5株分离毒株均属于NADC30-like毒株;此外,5株PRRSV均存在重组现象,主要亲本毒株都是NADC30;对全基因组各个基因及其氨基酸序列分析,显示各个基因变异区域最大的是Nsp2,其次是GP4。