甲型流感病毒属于正粘病毒科,可以引起高度传染性的呼吸道疾病,在全球范围内造成严重的经济损失。该病毒利用和破坏宿主内蛋白分子和信号通路以增加病毒自身的复制和抑制宿主的抗病毒免疫反应。本工作主要是以流感病毒为对象,对流感病毒感染宿主细胞转录组进行了分析研究,找出感染以后的宿主细胞对病毒侵入的分子生物学水平的变化,同时建立了研究病毒基因克隆型的方法。首先使用H5N1青海毒株(A/bar-headed goose/青海/1/2005)流感病毒分别感染人类A549和293T细胞,其中对A549细胞感染率较高。为了确定人类细胞对流感病毒感染的宿主细胞反应,采用RNA测序技术,利用流感病毒感染组和未感染的对照组之间的差异鉴定差异表达基因。对鉴定出的差异表达基因进行GO功能注释和KEGG代谢通路分析。转录组分析结果显示,流感病毒感染导致细胞的基因和代谢通路的变化,为研究流病毒与宿主细胞的复杂关系提供了理论依据。另外开展了克隆型的方法学研究,有助于确定某种疾病是否伴随着特定病毒克隆型的经常出现,从而将疾病与基因关联起来。在此,我们利用MinION平台评估了新兴的直接RNA测序和cDNA测序的结果,并建立了一种结合Illumina测序技术的高准确度和MinION测序技术的长读的新方法来解决流感病毒克隆型的问题。本方法可以快速的识别变异位点数量大于40的流感病毒基因片段的克隆型,修正MinION测序的高错误率,有助于研究宿主中流感病毒基因的克隆型的组成和分布,从而进一步理解其适应性和进化趋势。