明嘉靖年间,受“大礼议”中孔庙祀典更定,以及其后议礼风气的影响,地方官员于太原河汾书院内创建三贤祠,奉祀王通、司马光、薛瑄三人。万历初年,张居正禁毁书院,祠遂废。万历二十一年,魏允贞出任山西巡抚,复书院而称“祠”,避前首辅张居正的禁毁令。魏氏早年政治生涯以“反张”为特点,建祠实乃张居正政治延长线上的事件,折射出中央与地方间的对立。在晚明时期背古趋新的思想状况下,三立祠所承载的圣贤论述,指向古代文化中质朴无华的部分,与阳明心学“圣人可学而至”的观点形成反差。魏允贞激于阳明思潮的漫延,而思有所救正,身处明代中后期向“闻见之知”复归的思想趋向下,创建三立祠,试图以“三代之治”为理想,对政治与思想场域的秩序加以重整,重生的三立书院学风趋向严格化。天启初年,文翔凤改建文中子祠,“创明河汾之教”,崇祯九年,吴甡、袁继咸裁定祠祀,复改文中子祠为三立祠,同时辑传立论,以程朱理学为正统。甲申之年,学宗阳明的蔡懋德自缢于三立祠,以身殉城。明末时期三立祠文化理想的几经流变,折射出儒家精英身处乱世时的焦急与挫败感。历经明清鼎革,顺治年间,巡抚白如梅“升奥室为高阁”,易址重建三立祠。康熙二十一年,提学刘梅厘定祀典,上准明制,奠定两代之典。康熙年间,名儒范鄗鼎提议于成龙从祀三立祠,并提出以是否符合“公论”作为判断人物能否从祀的标准,三立祠的清代典制由此确立,三立祠开启乡贤祠化进程。迄康熙末年,三立祠祀典更定,除去明清转接时期之特例,标准主要参照学术、事功二项。论事功,则推崇立朝名臣,或以理学名,或以经世名;论学术,则以程朱为尊,国无异学,发展趋向是体制内化。乾嘉时期,考据学势力带来学术版图分裂,影响到三立祠祀典的更定,嘉庆年间增祀者,有三人同属考据学阵营。嘉道间诗人崔旭曾以委婉批评的方式,将其文化形象以“公评”一词加以定位,指出三立祠未能承载“闾巷之声”。三立祠在晚明与清代的历史命运,揭示了地方性祠祀在中国历史上的定位问题。