电子商务是我国推动产业发展的必然趋势，我国已将电子商务建设工作列为《国民经济和社会发展第十二个五年规划纲要》的重点工程项目。2012年5月，商务部公布我国首批34家电子商务示范基地名单。成立的电子商务示范基地正朝着建设国际一流的高科技技术协同创新产业集群目标发展前进。建立一套完整统一的协同创新能力评价体系可以为政府提供统一的创新示范基地协同创新能力水平评价，以帮助政府发现各自示范基地的优势、劣势，并通过调整政策、制度匹配适应各个创新示范基地的发展。因此，本研究的目的在于日后为政府管理建设电子商务示范区、打造世界一流高技术协同创新产业集群提供理论性支持。　　 本文从产业集群创新、协同创新和创新绩效相关理论出发，参考国际、国内其他高技术创新产业集群的评价理论模型，结合国家级电子商务示范基地的实际情况、功能定位和未来发展目标，构建了示范基地协同创新能力评价的指标体系和理论模型。细化了评价体系的六个一级指标，包括：基地产业集群竞争力、企业与企业间的协同创新能力、企业与政府间的协同创新能力、企业与金融及中介服务机构的协同创新能力、基地产学研协同创新能力和协同创新绩效。通过问卷调研的方式，筛选了26个二级评价指标构成最终的国家级电子商务示范区协同创新能力评价指标体系。通过层次分析法确定指标系数主观权重和熵权法确定指标系数客观权重的组合赋权法构建评价模型。选取北京通州商务园、上海浦东唐镇电子商务创新港和江苏苏州金枫电子商务产业园3家国家级电子商务示范基地作为评价对象，运用MATLAB7.0软件运算求解，得出3家示范基地的协同创新能力综合评价的分，并对结果进行了分析讨论，提出：增强资源集聚带动产业集聚，注重电子商务企业与金融和中介服务机构的沟通，加强产学研的合作等未来发展建议。