刚毛藻目是一类由单列细胞组成的分枝或不分枝的丝状藻类，广泛分布于淡水、咸水和海水环境，是水生态系统中重要的初级生产者。刚毛藻目位于绿藻门石莼纲，和橘色藻目、羽藻目及绒枝藻目有较近的亲缘关系。该目下有两个科:刚毛藻科和黑孢藻科。刚毛藻科包含两个属，分布于淡水和海水中。黑孢藻科包含约5个属，种类多数来自淡水。　　刚毛藻目的早期研究主要基于形态描述，由于刚毛藻目种类的形态特征易受环境等外部因素影响，因此出现了较多同物异名现象，刚毛藻目的种类多样性可能被大大高估了。近年来，随着分子测序技术和电子显微技术的发展，刚毛藻目的分类系统正处于不断的更新中。　　为了详细了解我国淡水刚毛藻目的资源多样性和系统进化关系，我们在2011-2015年间，分别对中国东北、西南、中部及南部地区进行了样品采集。经作者的整理研究，最后确认我国淡水刚毛藻目共6属21种（包括1变种）。刚毛藻科有2属（刚毛藻属和根枝藻属）14种，包括6个新种;黑孢藻科有4属7种，包括1个新种和3个新纪录种。同时，也对所采集的样品进行了详细的形态学描述，制作了样品干标本，并拍摄了光学和电子显微照片，以期为我国淡水刚毛藻目的分类鉴定提供参考资料。　　本研究基于从环境样品中提取的基因组DNA，经过PCR扩增，分别获得了刚毛藻目样品的18S rDNA、28S rDNA和ITS序列，共计约430条序列。我们结合了GenBank数据库中获取的刚毛藻类序列和相关序列，共同进行系统进化分析。三种分子标记所构建的系统进化树的拓扑结构基本一致。所构建的系统进化树显示刚毛藻目分为两大主支、六小分支。系统发育分析的结果与基于形态学对刚毛藻藻目的分析在属以上水平保持一致，但在属以下水平上存在一些分歧。淡水刚毛藻类多处于系统进化树的顶部，而一些海水和咸水种类则处于树的基部。黑孢藻科的分析结果相似，这显示刚毛藻目的淡水种类属于进化中比较高级的类群。刚毛藻目从海水到淡水环境的适应和进化至少发生了三次。此外，研究结果未显示刚毛藻属种类的基因序列和地理分布之间存在明显的关联性。　　最后，本研究还首次对中国淡水刚毛藻类的ITS2二级结构进行了分析和预测。淡水刚毛藻的二级结构模型由一个核心core环和3个螺旋helices(HelixⅠ-Ⅲ)组成。其中，HelixⅡ结构最保守，HelixⅢ-2区域最可变。分析结果显示刚毛藻的ITS2的二级结构可以有效的用于种及种以下水平的分类鉴定。　　当前仅仅依靠形态来区分刚毛藻类样品仍是困难的，加大样品采集范围，选取更稳定的形态特征和有效的分子标记对进一步解决刚毛藻目的分类问题将是需要的。