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以从四川和重庆的紫色土中分离获得的38株硅酸盐细菌为研究材料，采用RAPD、BOX-PCR、16S rRNA PCR-RFLP、代表菌株16S rRNA序列分析等方法研究其遗传多样性，确定了其系统发育及分类地位。 RAPD分析包括了单引物RAPD，TP-PCR。单引物RAPD在26％相似性水平上将供试菌株分5群，其中，群Ⅰ、Ⅲ和Ⅴ均由4株菌组成，群Ⅱ包括8个菌株，来源地比较杂，群Ⅳ最大，由18株硅酸盐细菌和2株参比菌株B. mucilaginosus VKPM 7519~T和B. mucilaginosusAS1.232组成，占供试紫色土硅酸细菌的47.3％。TP-PCR分群结果与单引物RAPD相似，在23％相似性水平上将供试菌株分为5个群，群Ⅰ和Ⅴ由5株菌组成；群Ⅱ有8株菌；群Ⅲ只有2株菌，群Ⅳ则由18株菌组成，该群菌株与标准菌株B. mucilaginosus VKPM 7519~T和B. mucilaginosus AS1.232聚在一起。这表明紫色土硅酸盐细菌存在有较丰富的遗传多样性。综合分析结果与RAPD和TP-PCR的聚类结果相似，有17株菌和标准菌株B. mucilaginosus VKPM 7519~T和AS1.232同处在群Ⅰ。 BOX-PCR分析中，所有供试菌株在54％的相似性水平上供试菌株与参比菌株分为了4个群，32株菌株都聚入了群Ⅱ和群Ⅲ，供试菌株中大部分还是和参比菌株亲缘较近。在BOX-PCR分析中，K4单独聚类，表现出比较大的特异性。 所有供试菌株的16S rRNA PCR-RFLP图谱有21种遗传型。在62％相似性水平处，所有菌株被分为3个16S rRNA遗传群，群Ⅰ的24株供试菌株与2株参比菌株B. mucilaginosus VKPM 7519~T和AS1.232聚在一起，包括12种遗传类型谱；群Ⅱ由10株供试菌株组成，群Ⅲ包括3株菌，这两个群的菌株与B. mucilaginosus亲缘关系较远。 进而，对菌株K18、K28、K38进行了16S rDNA序列测定，供试菌株K18与B. novalis模式菌株LMG21837~T同源性达到99.5％；K28与Bacillus muculaginosus模式菌株VKPM7519~T的同源性高达99.6％；而K38则与蜡质芽孢杆菌(B. cereus)的菌株ATCC14579~T同源性高达99.9％。初次发现硅酸盐细菌在蜡质芽孢杆菌(B. cereus)和B. novalis中有分布。